Окончил факультет искусств и литературы Гаванского университета, карьеру в киноиндустрии начал с 1971 года, работая ассистентом режиссёра. В 1975 году Перес снял свой первый документальный фильм. Определенную известность режиссёру принес художественный фильм Clandestinos (1987), но международное признание он получил с выходом в 1994 году фильма «Мадагаскар». Две другие его ленты получили множество наград на международных кинофестивалях разных лет: «Жизнь — это свист» (исп. La Vida es Silbar, 1998) и «Гаванская сюита» (исп. Suite Habana, 2003). Последний фильм Переса, под названием «Мадригал» (исп. Madrigal) был снят в 2007 году.