Главный труд Зекендорфа: «Commentarius historicus et apologeticus de Lutheranismo seu de reformatione religionis» (Лпц., 1688 и 1692), написанный по поручению герцога Эрнста Готского в опровержение «Histoire du Luth?ranisme» французского иезуита Мембура (Maimbourg). Кроме того, Зекендорф написал: «Teutscher F?rstenstaat» (Гота, 1655 — важно для истории экономического быта Германии); «Der Christenstaat» (Лпц., 1685) и др.