Родившийся в Дижоне, он был старшим сыном Иоанна (Жана) Бесстрашного и Маргариты Баварской. 28 января 1405, он получил титул графа де Шароле и, вероятно, тогда же был обручён с Мишель Французской (1395—1422), дочерью Карла VI Французского и Изабеллы Баварской. Свадьба же состоялась в 1409. После смерти жены Филипп женился вторично на Бонне д’Артуа (1393—1425), дочери Филиппа Артуа, которая была к тому же вдовой дяди Филиппа Доброго, Филиппа II, графа Неверского, 30 ноября, 1424.
В его третьем браке, который был заключен в Брюгге 7 января 1430 с Изабеллой Португальской (1397 — 17 декабря 1471), дочерью Жуана I Португальского и Филиппы Ланкастер, родилось трое сыновей, двое из которых умерли в детстве:
Кроме того, у герцога Филиппа было около 17 внебрачных детей, в том числе Антуан, Великий бастард Бургундский.
Герцогом Бургундским Филипп стал после убийства его отца в 1419. В этом убийстве, которое произошло в Монтеро, Филипп обвинил дофина Франции Карла. В 1420 Филипп заключил союз с королем Англии Генрихом V. В 1423 этот союз был укреплен браком между сестрой Филиппа Анной и Джоном, герцогом Бедфордом, регентом при малолетнем короле Генрихе VI. Стоит отметить, что после того как усилиями Изабеллы Баварской дофин был объявлен бастардом, Генрих V наследовал французский престол после Карла VI Безумного, а Филипп становился его наместником во Франции.
В 1430 бургундские войска захватили в Компьене Жанну д’Арк и позже передали ее англичанам, которые обвинили ее в ереси, судили и казнили. Союзничество бургундцев с англичанами закончилось в 1435, после того как по Аррасскому договору Филипп признал Карла VII королем Франции. Однако этот договор был нарушен в 1439, а в 1440 Филипп поддержал восстание французской знати (также известное как Прагерия) и дал убежище мятежному дофину Людовику.
Во время Столетней войны Филипп предпочитал не воевать на чьей-либо стороне, а, пользуясь нестабильной обстановкой, занимался присоединением новых земель к своему герцогству. В 1429 он присоединил Намюр, а в 1432 еще несколько нидерландских земель, в том числе Фрисландию и Зеландию. После смерти своего кузена Филиппа де Сен-Поль в 1430 он унаследовал герцогство Брабантское и маркграфство Антверпенское. А в 1443 купил герцогство Люксембург у своей тетки Елизаветы фон Гёрлиц. Неудивительно, что после всего этого Филипп стал называть себя «Великим герцогом Запада».
Однако в 1463 Филиппу пришлось вернуть часть захваченных земель Людовику XI. В этом же году он основал Генеральные штаты Голландии, построенные по французской модели.
Умер Филипп в Брюгге в 1467.
Филипп был страшен в своём гневе, но умел быстро прощать. Любя дорогие вещи, он медлил с размышлениями, учитывая рекомендации своих советников. Также как и король Франции Иоанн II Добрый, Филипп III Добрый был обязан своему прозвищу не из-за своей доброты, но потому что «хорошо держал в руках шпагу». Герцог до конца своей жизни помнил о вине французских Валуа, не воспрепятствовавших убийству его отца Иоанна Бесстрашного. Смерть его отца вызвала у него очень глубокую грусть (его почти всегда изображали в черном камзоле, в знаке траура).
Филипп усиленно поддерживал идею рыцарства при своём дворе. В 1430 г. он создал Орден Золотого руна. Его герцогство не имело постоянной столицы, и двор был то в Брюсселе, то в Брюгге, то в Лилле, и в этих городах часто устраивались рыцарские турниры. В 1454 г. Филипп хотел устроить крестовый поход против Османской империи, однако замысел этот так и не был осуществлён.
Также Филипп был большим ценителем произведений искусства, собрал большую коллекцию гобеленов и других работ. Во время его правления Бургундская капелла стала музыкальным центром Европы, наблюдалось большое развитие Бургундской школы композиторов и певцов. Жиль Беншуа, Робер Мортон и позже Гийом Дюфаи, известнейшие композиторы XV века играли в придворной капелле Филиппа.
В 1428 году Ян ван Эйк был отправлен в Португалию, для того чтобы написать портрет невесты Филиппа инфанты Изабеллы. С помощью опытных португальских кораблестроителей Филипп основал свою собственную судоверфь в Брюгге.