Ленард родился в семье Тирольского торговца вином. В 1722 г. семье Ленардов было присвоено наследственное дворянство, которое однако, начиная с конца XVIII века, в семье не применялось. В 1880 г. Ленард изучает в течение двух семестров естественные науки — сначала в Будапеште, а затем в Вене. После этого он предпочитает работу в отцовском винном магазине в Прессбурге. В 1883 г. Ленард продолжает обучение в Гейдельберге под руководством Германа Квинке и Роберта Бунзена. После обучения в течение одного семестра в Берлине под руководством Германа Гельмгольца, он защищает в 1886 г. в Гейдельберге диссертацию по теме «О колебаниях падающих капель». После этого он становится ассистентом у Квинке в физическом институте Гейдельбергского университета. В это время он продолжает исследования люминесценции. В последующие десятилетия на основе этих исследований он напишет основополагающие работы о механизме свечения так называемых фосфоров Ленарда.
После недолгого пребывания в Лондоне и Бреслау Ленард приступает в апреле 1891 г. к работе ассистентом Генриха Герца в Бонне, где в 1892 г. защищает вторую диссертацию по теме «Об электрических свойствах дождей». Об электрических свойствах дождей и гроз он опубликует в последующие годы множество работ. После ранней смерти Герца в 1894 г. Ленард издал собрание его сочинений.
В Бонне Ленард занимался катодными лучами, особенно их способностью проникать через тонкие слои металлов. После изобретения в 1892 г. разрядных трубок, названных его именем (трубок Ленарда), а также окошка Ленарда, впервые появилась возможность изучать катодные лучи независимо от газового разряда. Эксперименты Ленарда привели к прояснению корпускулярной природы катодных лучей, хотя к великому огорчению Ленарда приоритет в открытии электрона отошёл в 1897 г. Дж. Дж. Томсону. Одну из изобретённых им разрядных трубок из собственного лабораторного оснащения Ленард передал К. Рентгену. При помощи этой трубки Рентген смог открыть в 1895 г. рентгеновские лучи. Ленард никогда не смог простить Рентгену того, что тот никогда не упомянул его ни в одной своей публикации или докладе.
В 1898 году Ленард стал профессором в Кильском университете. Только здесь он получил неограниченные возможности для экспериментальных исследовательских работ. В 1900 году он продолжил исследовать фотоэлектрический эффект, открытый в 1886 году Герцем и в 1887 году Холваксом, и обнаружил в том же году фундаментальную закономерность: при увеличивающейся интенсивности света число электронов растёт, однако их скорость остаётся постоянной и зависит только от частоты падающего света. Объяснение этого эффекта было сделано только в 1905 году А. Эйнштейном при помощи гипотезы световых квантов.
Основываясь на измерении поглощения катодных лучей Ленард разработал в 1903 г. свою динамидическую модель атома, согласно которой атом был «пустым», и его действующие центры были сосредоточены в маленьком объёме. Этой моделью Ленард впервые опроверг господствующее в то время представление об атоме как о массивном однородном объекте. Модель Ленарда была предшественницей планетарной модели атома Резерфорда 1910/1911 гг, которую тот разработал на основе своих опытов по рассеянию альфа-частиц.
Годы, проведённые в Киле были самыми продуктивными в жизни Ленарда. В 1905 г. Ленард получил Нобелевскую премию по физике.
В 1907 г. Ленард переходит в Гейдельберг в качестве последователя своего учителя Германа Квинке — профессора и директора физического института. В 1913 г. он основал радиологический институт, который он возглавлял до выхода на пенсию в 1932 г. В Гейдельберге исследования Ленарда смещаются от экспериментов к созданию обобщающих концепций. Во время первой мировой войны он написал множество статей для справочника по физике. Современную абстрактную физику, в создании которой он сам когда-то принимал участие, Ленард перестал понимать.
Под впечатлением от первой мировой войны, Версальского договора и Веймарской республики, Ленард, убеждённый монархист, примкнул к антиеврейскому движению. Теорию относительности и квантовую механику он отвергал как абстрактные и чуждые реальности теории. Он работал над теорией эфира, при помощи которой пытался объяснить опыт Майкельсона или вращение перигелия Меркурия, оставаясь в рамках рациональной классической физики (см. Об эфире и исходном эфире 2-е издание с предупреждением немецким исследователям, Лейпциг, 1922 г.). Также Ленард выступал с резкой критикой лично Альберта Эйнштейна в газетных статьях и публичных докладах. Кульминацией противостояния с Эйнштейном стала публичная конфронтация на конференции естествоиспытателей и врачей в Баде Нойхайме 23 сентября 1920 г.
В судьбоносном для Ленарда 1922 году он полностью пересмотрел свои жизненные взгляды. Институт физики был блокирован студенческим социал-демократическим обществом, так как Ленард отказался вывесить траурный флаг в честь государственных похорон недавно убитого Вальтера Ратенау. Последствием этого стал арест Ленарда. Кроме того Ленард потерял в результате инфляции всё своё состояние, и в этом же году умер его единственный сын.
В этом же году Эйнштейн получает задним числом Нобелевскую премию за 1921 год за прояснение квантовой природы фотоэффекта, в чём существенную роль сыграли эксперименты Ленарда. После появления в 1922 году расовой теории Ганса Фридриха Карла Гюнтера, с радостью воспринятой Ленардом, он окончательно обратился к национал-социализму.
Ленард был первым крупным немецким учёным, который публично, 8 мая 1924 г. поддержал НСДАП. В этот день в «Великогерманской газете» вышла его статья, в соавторстве с Йоганном Штарком, в которой оба учёных поддержали программу партии НСДАП, а также идеалы некоторых вождей партии, таких как Адольфа Гитлера, Людендорфа и Эрнста Пёнера (главного полицмейстера Мюнхена).
В 1926 г. Ленард встретился в Гейдельберге с Гитлером. После выхода на пенсию в 1932 г. Ленард получил от нацистского режима много наград в качестве ведущего представителя физики. В 1935 г. физический институт Гейдельбергского университета был переименован в Институт Филиппа Ленарда.
В 1937 г. Ленард становится членом НСДАП и награждается «золотым почётным знаком».
В последующие годы Ленард был одним из группы примерно 30 физиков, которые пропагандировали «немецкую физику». Они отвергали части современной теоретической физики под предлогом того, что они были «догматическо-диалектическими» произведениями. По мнению Ленарда, познание природы зависит от расы, причём арийская раса имеет для этого наилучшие предпосылки. От физики требовалась наглядность моделей, причём в центре физики должен стоять эксперимент. Теоретические построения должны стоять «на твёрдом фундаменте классической физики».
Хотя квантовая теория отрицалась Ленардом, некоторые другие приверженцы «немецкой физики» принимали её (см. Гримзель-Томашек, «Учебник физики», Том II, вторая часть 2: Материя и эфир, Лейпциг/Берлин 1938, 8. Издание, стр. 229 и далее). Теория относительности, разработанная Лоренцом, Пуанкаре и Эйнштейном полностью отвергалась. Лоренцево сокращение длины всё же принималась некоторыми приверженцами «немецкой физики» в качестве возможного объяснения отрицательных результатов опытов Майкельсона (там же стр. 430)
В 1936 г. вышел учебник Ленарда «Немецкая физика в четырёх томах». Он описывал только области классической физики и не касался ни квантовой механики, ни теории относительности. Открытия современной физики объяснялись при помощи теории эфира и атомной модели Йоганна Штарка. В предисловии к учебнику, Ленард приводит следующее высказывание, которое можно рассматривать как программу немецкой физики: «Вы спросите — Немецкая физика?». Я мог бы назвать её также арийской физикой или физикой людей нордического типа, физикой исследователей реальности, искателей истины, физикой тех, кто основал естествоиспытание… В действительности наука, как и всё, что создают люди, зависит от расы, от крови.(см. Филипп Ленард, Немецкая Физика в четырёх томах, Мюнхен 1936, Том. I, стр. IX). В движении «немецкой физики» Ленард заведовал, в отличие от Йоганна Штарка, интеллектуальной частью и почти не участвовал в политических мероприятиях.
В ноябре 1940 г. было заключено соглашение (известное как «Мюнхенский разговор о религии») между представителями «немецкой физики» (Рудольфом Томашеком, Альфонсом Бюлем, Людвигом Вешем и Вильгельмом Мюллером) и представителями современной физики (Карлом Рамзауэром, Георгом Джоссом, Гансом Копферманом и Карлом Фридрихом фон Вайцзеккером). При этом представители «немецкой физики» должны были признать неопровержимые факты современной физики и прекратить политические нападки на них. Письменное соглашение закрепляло следующие пункты:
После этого договора «немецкая физика» потеряла своё влияние. Ленард считал, что его взгляды были недостаточно представлены при обсуждении и принял договор как предательство.
В 1944 г. часть физического института была перенесена в Мессельхаузен. Ленард был так привязан к институту, что тоже переехал в Мессельхаузен.
После капитуляции нацистов в 1945 году американцы, по причине преклонного возраста Ленарда, не стали подвергать его процедуре «денацификации».
Ленард умер в 1947 году. Его имущество хранится в «Музее Германии» в Мюнхене.