Филипп Янковский родился 10 октября 1968 года в Саратове в семье актёров Олега Янковского и Людмилы Зориной.
Впервые снялся в 1974 году в фильме «Зеркало» Андрея Тарковского. Первая взрослая роль — в «Сентиментальное путешествие на картошку» (1986).
В 1990 году окончил Школу-студию МХАТ (курс Олега Табакова). Тогда же поступил во ВГИК на режиссёрский факультет (мастерская Владимира Наумова).
Снял около 150 видеоклипов. В 1997 был номинирован на премию «Овация» как лучший режиссёр музыкального видео.
Дебютировал в игровом кино, поставив фильм «В движении», за который был удостоен премии «Открытие года» на кинофестивале «Ника» в 2003 году. Его следующей режиссёрской работой стала экранизация романа Бориса Акунина «Статский советник», в которой снялись многие популярные российские актёры, в том числе такие признанные мастера отечественного экрана как Никита Михалков, Олег Меньшиков и Олег Табаков.
Женат на актрисе Оксане Фандере.
Двое детей — Иван Янковский (р. 30 октября 1990 года) и Елизавета Янковская (р. 1 мая 1994).
Иван Янковский окончил Международную киношколу, в 2009 году поступил в ГИТИС. Начинающий актёр снялся в фильмах: в 2000 году — «Приходи на меня посмотреть» в роли Ангела, в 2008 году — в фильме «Индиго» в главной роли (Андрей).