Флориану Пейшоту родился 30 апреля 1839 года в Ипиоке (сейчас — один из районов города Масейо в штате Алагоас). В 1863 году окончил военное училище в Рио-де-Жанейро, позже участвовал в Парагвайской войне, по окончанию которой получил звание подполковника.
В 1883 году Пейшоту было присвоено звание бригадного генерала.
В 1884 году Пейшоту был назначен губернатором провинции Мату-Гросу и находился на этом посту до 1885 года. Пейшоту поддержал переход к республиканскому строю и после падения империи стал военным министром во временном правительстве Бразилии (1890—1891).
26 февраля 1891 года Конгресс избрал Пейшоту вице-президентом.
Пейшоту стал президентом первой бразильской республики после ухода в отставку первого президента, маршала Деодору да Фонсеки. Правомерность занятия им этого поста была под сомнением, поскольку 42 статья первой республиканской конституции гласила, что вице-президент может занять пост президента после отставки последнего только в том случае, если истекло более половины срока его полномочий. Высшие военные чины из различных штатов опубликовали так называемый «Манифест тринадцати генералов», где выразили своё недовольство сложившейся ситуацией и потребовали проведения досрочных президентских выборов. На это Пейшоту ответил, что раз выборы первого президента не были прямыми и всеобщими в качестве исключения, то и он будет оставаться у власти в качестве исключения.
Заняв президентское кресло, Пейшоту предпринял ряд шагов по упрочению диктаторского режима, установленного своим предшественником. В результате, наиболее заметными событиями его президентства стали восстание морских офицеров в 1893—1894, а также выступление федералистов в штатах Риу-Гранди-ду-Сул и Санта-Катарина, которые были жестоко подавлены.
Несмотря на свою низкую популярность и националистические тенденции, Пейшоту внёс большой вклад в усиление централизации власти, благодаря чему иногда его именуют «объединителем республики» и «железным маршалом».
В 1894 году город Дештерру, столица штата Санта-Катарина, был переименован в честь Пейшоту и получил название Флорианополис. Также именем Пейшоту назван муниципалитет Флориану-Пейшоту в штате Риу-Гранди-ду-Сул.