Родился в Бронксе в семье итальянца-католика Ахилла Ла Гуардиа, родом из Чериньолы, и итальянки еврейского происхождения из Триеста Ирен Коэн Луццато; воспитывался в епископальной традиции. В его детстве среднее имя было изменено с Энрико (итал. Enrico) на Генри. Юность провёл в Венгрии и Италии, работал в консульствах США в Будапеште, Триесте и Фиуме. С 1906 г. работал в Нью-Йорке переводчиком иммиграционной службы, учился в Нью-Йоркском университете, в 1910 получил право адвокатской практики в суде. В 1916 был избран в Палату представителей конгресса США, однако вскоре покинул эту должность в связи с участием в боевых действиях Первой мировой войны в качестве военного летчика. В 1918 вернулся к административной работе, в 1922 г. переизбран в Палату представителей, в 1933 г. успешно баллотировался в мэры Нью-Йорка. Впоследствии был переизбран на этот пост дважды.
В качестве мэра Ла Гуардиа прославился, прежде всего, своей неутомимой борьбой с коррупцией и преступностью и введением новых социальных программ, существенно повысивших благосостояние малоимущих жителей Нью-Йорка. Немало внимания уделялось и борьбе с последствиями «сухого закона» — организованной преступностью и наркоманией. Ла Гуардиа был уверен, что употребление марихуаны может помочь в лечении наркозависимости, и настаивал на продолжении исследований в этом направлении даже тогда, когда по всей стране бушевала антимарихуановая истерия, спровоцированная Комиссаром по наркотикам Г. Анслингером. В ответ на введение «налога на марихуану» Ла Гуардиа организовал комиссию по изучению проблемы марихуаны в Нью-Йорке. Членами комиссии являлись два терапевта, три психиатра, два фармаколога, эксперт по здравоохранению, уполномоченные Управления исправительных учреждений и учреждений здравоохранения, а также директор отделения психиатрии Министерства лечебных учреждений. Комиссия начала исследования в 1940 году и в 1944 году подробно изложила их результаты в докладе «Проблема марихуаны в Нью-Йорке».
Комиссия не нашла никаких доказательств тому, что значительная часть преступлений была связана с марихуаной, равно как и тому, что марихуана провоцирует агрессивное или антисоциальное поведение. Результаты исследований свидетельствовали, что употребление марихуаны не оказывает сексуально-возбуждающего действия и не влечет за собой негативных изменений личности. Не было получено данных, которые свидетельствовали бы о привыкании к ней.
Однако Конгресс США проигнорировал выводы «комиссии Ла Гуардии», а Комиссар по наркотикам ответил на них новой пропагандистской кампанией. В 1949 г. марихуана была объявлена «оружием коммунистов, ослабляющим дух американской нации», и любые дебаты о её безвредности стали невозможны.