После Аншлюса Австрии Франц Егерштеттер оказывал активное гражданское сопротивление немецким оккупантам. В населённом пункте, где жил Франц Егерштеттер, он был единственный, кто голосовал против Аншлюса. Франц Егерщтеттер отказывался жертвовать денежные средства для нацистской партии, отказался получать денежное пособие для детей, выдаваемое австрийскими властями. В 1940 году после вступление в третий францисканский орден для мирян, открыто заявил, что воевать за нацистское государство противоречит его убеждениям. Во время Второй мировой войны при очередной мобилизации нацистской Германией австрийских граждан в 1943 году, когда Франца Егерштеттера призвали в армию, он отказался принять военную присягу и служить в германском Вермахте, объясняя, что как верующий не может участвовать в войне. Во время суда Франц Егерштеттер сказал, что готов служить в санитарных частях, но суд отклонил его предложение и приговорил к смертной казни через гильотину за «саботаж военного призыва». Был казнён 9 августа 1943 года в каторжной тюрьме в городе Бранденбург. После окончания войны был реабилитирован австрийскими властями.
1 октября 2007 года Франц Егерштеттер был причислен к лику блаженных римским папой Бенедиктом XVI. Беатификация происходила в кафедральном соборе Линца 26 октября 2007 года. Во время беатификации Франца Егерштеттера присутствовали его девяносточетырёхлетняя жена и три его дочери.
По мотивам жизни Франца Егерштеттера в Германии и Австрии были сняты документальные фильмы и поставлены театральные, оперные постановки: