Зуппе родился в хорватском городе Сплит, принадлежавшем тогда Австро-Венгрии. Часть его предков, по некоторым сведениям, родом из Бельгии, мать Зуппе — австрийка из Вены, есть и итальянцы. Зуппе — дальний родственник композитора Гаэтано Доницетти.
При рождении он получил имя Франческо Эдзекьеле Эрменеджильдо, кавалер Зуппе-Демелли (Francesco Ezechiele Ermenegildo, Cavaliere Supp? Demelli). Впоследствии, переселившись в Австрию, он своё имя сократил и германизировал. В романских странах его могут именовать Франческо Зуппе-Демелли.
Зуппе получил музыкальное образование в Задаре и Кремоне, и уже в детстве начал сочинять собственные композиции. Некоторое время изучал в Падуе право, но композиции не бросал, и постепенно приобрёл известность как автор популярных песен.
1835: овдовевшая мать возвращается в Вену.
Поворот в судьбе Зуппе наступил в 1840 году, когда Франц Ксавер Покорны пригласил его стать дирижёром венского театра Theater in der Josefstadt. Зуппе написал более сотни оперетт, фарсов, балетов и др. сценических форм, поставленных как в этом, так и в других театрах Европы и США. Выступал и в качестве певца.
В конце жизни Зуппе стал уделять больше внимания созданию классической и духовной музыки.
Зуппе написал более 2 тысяч разных произведений. В основном это песни, хоры, романсы. Он также автор многочисленных месс, симфоний и концертных увертюр.
Для театра он написал около 30 оперетт и комических опер, из которых наиболее известны «Боккаччо», «Прекрасная Галатея» и «Фатиница». Его великолепные увертюры исполняются даже чаще, чем соответствующие оперетты и оперы.
Оперетта «Боккаччо» неоднократно экранизировалась.