Франц Фридрихович Шперк родился в 1835 году.
По окончании курса на медицинском факультете Харьковского университета Ф. Ф. Шперк был назначен окружным врачом в город Олёкминск Якутской области.
Во время русско-турецкой войны (1877—1878 гг.) Шперк Ф. Ф. состоял врачом на санитарном поезде (об этих днях Шперк позднее напишет сочинение под названием «Санитарный поезд № 1 имени Государыни Императрицы и его 16-месячная деятельность во время войны 1877—1878 гг.») затем был уездным врачом в городе Белостоке, далее помощником врачебного инспектора в Астрахани.
По выходе в отставку в 1889 году Ф. Ф. Шперк поселился в столице Российской империи городе Санкт-Петербурге, но затем переехал в Смоленск, а оттуда на север в город Архангельск.
Скитание по разным углам Сибири и России дало Францу Фридриховичу Шперку возможность ознакомиться со многими местностями, в которые его забрасывала судьба; отсюда многие его географические труды.
Ф. Ф. Шперк состоял одним из сотрудников по отделу географии в «Энциклопедическом словаре Брокгауза и Ефрона».
Франц Фридрихович Шперк скончался в 1906 году.