Родился в деревне Врба (Австрийская империя, ныне Словения) в семье зажиточных крестьян. Вопреки желанию матери не пошёл в священники, а занялся изучением философии и права, в том числе в университете в Вене. Впоследствии работал помощником адвоката в Любляне, а с 1846 открыл адвокатскую контору в Кране. В свободное время занимался общественной деятельностью и сочинением стихов.
Детство Прешерна частично пришлось на период оккупации части словенских и хорватских земель Францией, когда французские власти разрешили школьное преподавание на местном языке. Одним из учителей Прешерна был поэт Валентин Водник. Впоследствии из-за своего вольнодумства, а также националистических, панславистских и антиклерикальных взглядов Прешерна считали политически неблагонадёжным и долгое время отказывали в выдаче лицензии на частную адвокатскую практику.
На мысль основательно заняться сочинением стихов на словенском языке Прешерна натолкнуло, в частности, замечание Жиги Цойса о том, что словенский язык чересчур примитивен и груб для поэтического творчества. Оставаясь в рамках романтической традиции, Прешерн сумел достигнуть небывалых успехов как в выразительности стиха, так и в многообразии и изощрённости форм. Общепринятой стала точка зрения о том, что Прешерн единолично вывел словенскую поэзию на европейский уровень. Также за Прешерном прочно закрепилась слава лучшего поэта Словении всех времён.
Вместе со своим другом, лингвистом, просветителем и романтиком Матией Чопом Прешерн стоял у истоков националистического и романтического движения в Словении, был одним из главных участников поэтического альманаха «Краинская пчелка» (Kranjska ?belica; выходил в 1830, 1831, 1832, 1834 и 1848).
Вместе с тем Прешерн нередко писал стихи и на немецком, зачастую публикуя их сразу в двух версиях: и немецкую, и собственный перевод на словенский.
На эмоциональном настрое поэзии Прешерна в немалой степени сказались трагические события его жизни (неустроенная семейная жизнь, неразделённая любовь, смерть друзей, внебрачная связь с несовершеннолетней и последовавшее общественное осуждение). Многие стихотворения написаны им непосредственно под воздействием подобных переживаний или в периоды душевного кризиса. Так, эпическая поэма «Крещение при Савице» (Krst pri Savici, 1835) о гордом карантанском князе-язычнике, не желающем принимать христианство, посвящена памяти погибшего Матии Чопа, бывшего лучшим другом поэта.
В 1847 году опубликовал (с цензурными изъятиями) свой единственный прижизненный сборник «Стихотворения» (Poezije).
Вершиной творчества считается «Венок сонетов» (Sonetni Venec, 1834), ставший, кстати, первым произведением подобного жанра, переведённым на русский язык (автор перевода — Ф. Е. Корш).
Умер от цирроза печени.
Личный архив Прешерна был уничтожен вскоре после его смерти, а первое посмертное издание его стихов относится к 1866 г.
В 1901 г. вышел сборник стихов Прешерна в переводе на русский, выполненном Ф. Коршем. Во второй половине XX века стихи Прешерна многократно переводились на русский и издавались в СССР.
В 1905 году в честь Прешерна была переименована центральная площадь Любляны — площадь Девы Марии. Тогда же посреди площади был воздвигнут памятник поэту и его музе (в полуобнажённом виде), что вызвало протест со стороны епископа Люблянского Антона Бонавентуры Еглича и скандал в прессе. Несмотря на это, памятник остался стоять на месте. На стене здания, стоящего напротив памятника, высечен барельефный портрет возлюбленной поэта Юлии Примиц.
День смерти Прешерна — 8 февраля — объявлен государственным праздником. Одна из строф его стихотворения «Здравица» (Zdravljica, 1844, опубл. в 1848 (с цензурными изъятиями)), положенная в 1905 г. на музыку Станко Премрлом, стала с 1989 г. государственным гимном Словении. Портрет Прешерна напечатан на банкнотах достоинством 1000 толаров (вышли из обращения с 1 января 2007), а также на аверсе монет достоинством в 2 евро, отчеканенных в Словении.