После смерти в 1472 году деда, графа Гастона IV де Фуа, Франсуа в пятилетнем возрасте унаследовал его земли — графства Фуа, Бигорр, виконство Беарн и ряд других владений, включая сюзеренитет над Андоррой. Регентшей стала его мать Мадлен, сестра короля Франции Людовика XI.
В 1479 году, после смерти бабушки, Элеоноры Арагонской, Гастон по её завещанию также унаследовал королевство Наварра (также под регентством матери). В качестве короля его поддержали представители знатного рода Аграмонтов, однако нашлись и противники в лице рода Бомонтов, которые были сторонниками короля Арагона Фердинанда II, чтобы предотвратить возможное французское вмешательство. Все попытки Мадлен помирить противоборствующие партии были безуспешны.
В 1483 году Франсуа был отравлен. Его владения унаследовала сестра, Екатерина де Фуа.