В 1979 году окончил Королевскую школу Кадетов, затем в 1984 году получил степень магистра телекоммуникаций и гражданского строительства в Королевской военной Академии в Брюсселе, в 1992 году окончил с отличием Имперскую школу лётчиков-испытателей в Великобритании.
С 1986 по 1992 год был пилотом истребителя «Mirage V», участвовал в разработке программы модернизации самолётов «Mirage V». Во время войны НАТО против Югославии был командиром объединённой бельгийско-голландской авиагруппы. Выполнил 17 боевых вылетов.
Европейское космическое агентство отобрало Франка Де Винне в качестве астронавта в январе 2000 года. С августа 2001 года он проходил подготовку в НИИ ЦПК имени Ю. А. Гагарина.
Первый полёт Де Винне проходил с 30 октября по 10 ноября 2002 года. Он отправился к МКС на корабле «Союз ТМА-1» в качестве бортинженера с четвёртой экспедицией посещения. Посадка была осуществлена на корабле «Союз ТМ-34». За время полёта общей продолжительностью 10 суток 20 часов 52 минуты Франк успешно выполнил научную программу OSTC из 23 экспериментов по биологии, медицине, физике и в области образования.
21 ноября 2008 года НАСА официально подтвердило его назначение в состав экипажа МКС-20. 27 мая 2009 года стартовал «Союз ТМА-15», через двое суток доставивший экипаж на станцию.
В 1997 году он стал первым не американецем, получившим награду «Joe Bill Dryden Semper Viper» за демонстрацию выдающихся навыков пилотирования. В 1999 году получил от королевы Нидерландов награду «За проявленное мужество во время военных операций». 23 декабря 2002 года указом бельгийского короля Альберта II возведён в титул виконта. Кавалер ордена Дружбы (Указ президента РФ от 27 мая 2003 года).