Учился в Амстердамском музыкальном лицее, затем — в Амстердамском университете. С 1955 — профессор Королевской консерватории в Гааге. В 1981 г. создал Оркестр XVIII века (60 музыкантов из 22 стран мира), играющий на инструментах эпохи. Выступает как солист, играет в ансамблях с La Petite Bande Сигизвальда Кёйкена, Густавом Леонхардтом и другими аутентистами. В 1991—1994 гг. руководил Камерным оркестром Нидерландского радио. С 1998 г. — приглашённый дирижёр Парижского оркестра. Дирижировал многими оркестрами Европы, включая оркестр Консертгебау. Преподавал в Гарварде и Беркли.
В репертуар Брюггена входят композиторы от Пёрселла до Шуберта. Исполняет и произведения современных композиторов (Лучано Берио, Луи Андриссен).