Франсиско начинал играть в футбол в родном городе за местные молодёжные команды «Эстудиантеса», «Химнасии» и других клубов. Его первым профессиональным клубом стала «Химнасия», в составе которой он выиграл любительский чемпионат Аргентины 1929 года. До сих пор это единственный национальный титул для этого клуба (хотя любительские чемпионаты в Аргентине и не учитываются при подсчёте чемпионств).
С 1931 года Варальо стал выступать за «Боку Хуниорс». За годы, проведённые в этой команде, он забил 194 мяча в ворота соперников, из них 181 — в профессиональных чемпионатах. По общему количеству забитых мячей он уступает в истории «Боки» лишь Роберто Черро (218) и Мартину Палермо (206).
В 1930 году Варальо стал вице-чемпионом мира в составе сборной Аргентины. В 1938 году он получил довольно серьёзную травму и был вынужден завершить карьеру в 1940 году, в возрасте 30 лет.
В 1994 году Франсиско Варальо стал первым кавалером Ордена почёта ФИФА за заслуги перед футболом.
Франсиско Варальо скончался 30 августа 2010 года в возрасте 100 лет.