Франсиско Гойя Лусиентес родился в 1746 году в семье среднего социального класса в Сарагосе, которая в том году переехала в деревеньку Фуендетодос, находившаяся в 40 км на юге от столицы, пока ремонтировался дом, в котором они жили. Его отец был известным мастером по золочению. В 1760 году семья переезжает в Сарагосу и здесь юноша был отдан в мастерскую художника Лусана-и-Мартинеса. Через несколько лет, замешанный в драке, он вынужден бежать из Сарагосы. В 1766 году Гойя попадает в Мадрид. Здесь он знакомится с работами придворных художников, совершенствует своё мастерство и даже участвует в конкурсах мадридской Академии художеств, надеясь быть принятым в Королевскую Академию изящных искусств Сан-Фернандо. Его картина была отвергнута, и он отправился в Италию. Оказывается в Риме, где знакомится с живописью итальянских мастеров. Однако, являясь натурой авантюрной, вновь попадает в неприятную историю: ночью пробирается в женский монастырь, чтобы похитить возлюбленную; застигнутый на месте преступления, он вынужден покинуть Рим.
В 1771 году, получив вторую премию пармской Академии художеств за картину на тему из античной истории, возвращается в Сарагосу, где работает над фресками в традициях позднего итальянского барокко (боковой неф церкви Нуэстра Сеньора дель Пилар, 1771—1772).
Около 1773 года Гойя обосновался в Мадриде у своего друга Франсиско Байеу, и работал у него в мастерской. Байеу был тогда официальным придворным художником короля Карла IV и королевы Марии Луизы. Франсиско познакомил Гойю со своей сестрой Хосефой, от которой тот был в восторге и вскоре соблазнил ее. В 1775 году Гойе пришлось жениться на ней, когда она была на пятом месяце беременности. Через четыре месяца родился мальчик, которого назвали Эусебио, он прожил недолго и вскоре умер. Всего Хосефа родила пять (по разным данным и больше) детей, из которых выжил лишь один мальчик по имени Хавьер — Франсиско Хавьер Педро — который стал художником. Как только Гойе стали доступны встречи с придворными аристократками, Хосефа была тут же им практически забыта. Гойя написал только один ее портрет.
По протекции Байеу Гойя выполнил для Королевской шпалерной мануфактуры в 1776—1780 годах 45 панно, которые служили образцами (картонами) для гобеленов и получил постоянную работу на фабрике. Эти работы принесли Гойе известность. В 1780 году Гойя был принят при дворе и написал портрет короля, картину в академическом стиле «Распятие» и стал членом Королевской Академии (с 1785 года вице-директор, а с 1795 года — директор её живописного отделения), а в 1786 году был назначен придворным живописцем; после смерти Карла III стал придворным художником Карла IV и с 1799 года его первым живописцем.
В 1791 году Гойя познакомился с герцогиней Альба, которая стала его возлюбленной и покровительницей. Он начинает ухаживать за ней. Но в 1792-1793 годах его настигает болезнь, в результате которой теряет слух. Во время выздоровления в 1792 году Гойя начал работать над своей первой большой серией офортов Капричос (закончена к 1799 году) — сатирой на политические, социальные и религиозные порядки. В 1798 году Карл IV поручил Гойе расписать купол своей загородной церкви Сан Антонио де ла Флорида.
В 1796 году муж герцогини скончался, она едет оплакивать эту потерю в свое поместье в Андалусию, и берёт Гойю с собой. Он писал ее портреты много раз; два самых знаменитых из них — «Маха обнажённая» (ок. 1797) и «Маха одетая» (ок. 1802, Прадо). После ее смерти создает «Маху на балконе» (около 1816, Метрополитен-музей, Нью-Йорк). Герцогиня Альба скончалась в 1802 году. Она завещала выдавать ежегодно 3500 реалов из оставшегося после нее состояния Хавьеру Гойе, сыну художника.
В 1808 году Испания была оккупирована Наполеоном. Гойя стал свидетелем восстания против наполеоновских войск в Мадриде и последовавших репрессий. После того как Испания была освобождена, он запечатлел эти события в двух знаменитых полотнах: «Восстание на Пуэрта дель Соль 2 мая 1808 года» и «Расстрел мадридских повстанцев в ночь на 3 мая 1808 года» (обе ок. 1814, Мадрид, Прадо).
Его сын женился на дочери богатого купца и стал жить отдельно. Гойя остался совсем один. В эти чрезвычайно тяжёлые для Гойя годы, он жил в одиночестве в загородном доме «Кинта дель Сордо» (то есть «Дом Глухого»), стены которого расписал маслом (1820—1823, росписи находятся сейчас в Прадо).
Он знакомится с Леокадией де Вейс, женой предпринимателя Исидро Вейса, которая затем разводится с мужем. У нее родилась дочь от Гойи, которую назвали Росарита. Опасаясь преследований со стороны нового правительства Испании, в 1824 году Гойя вместе с Леокадией и маленькой Росаритой выехал во Францию, где провёл свои последние четыре года жизни. В изгнании он пишет портреты своих друзей-эмигрантов, осваивает новую тогда технику литографии и делает серию, посвящённую бою быков: «Бордоские быки», 1826 и картину «Молочница из Бордо» (1827—1828). К этому времени влияние Гойи на художественную культуру начинает приобретать общеевропейское значение.
В честь Гойи назван кратер на Меркурии.
Насыщенные по цвету и непринуждённые по композиции сцены повседневной жизни и праздничных народных развлечений (все — в Прадо, Мадрид):
С начала 1780-х годов Гойя получает известность и как портретист:
Характер его искусства резко меняется с началом 1790-х годов перед событиями Великой французской революции. Жизнеутверждение в творчестве Гойя сменяется глубокой неудовлетворённостью, праздничная звучность и утончённость светлых оттенков — резкими столкновениями тёмного и светлого, увлечение Тьеполо — освоением традиций Веласкеса, Эль Греко, а позже Рембрандта.
В его живописи всё чаще царят трагизм и мрак, поглощающий фигуры, графика становится резкой: стремительность перового рисунка, царапающий штрих иглы в офорте, светотеневые эффекты акватинты. Близость с испанскими просветителями (Г. М. Ховельяносом-и-Рамиресом, М. Х. Кинтаной) обостряет неприязнь Гойя к феодально-клерикальной Испании. Среди известных произведений того времени — Сон разума рождает чудовищ.
Картины, посвященные освобождению Испании
Автопортрет (1815, Прадо) — см. вверху.
Основная масса уникальных медных пластин, выгравированных Гойей, сохраняется в Королевской Академии Изобразительных Искусств Сан-Фернандо () в Мадриде. При жизни художника его офорты не были широко известны. «Бедствия войны» и «Пословицы» были впервые изданы Академией Сан-Фернандо лишь в 1863 году, спустя 35 лет после его смерти.