Сведений о жизни де Гомара сохранилось мало. Родился между 1510 и 1511 гг., окончил университет в Алькала. После рукоположения в священники, около 1540 г. совершил поездку в Рим, после возвращения был приглашён к Кортесу в качестве духовника. Сопровождал Кортеса в походе на Алжир. После кончины Кортеса служил священником в Вальядолиде, но около 1556 или 1557 г. был уволен с духовной службы, и поселился в Севилье, где, видимо, и скончался.
На основе сведений, сообщённых ему Кортесом и другими конкистадорами, в 1550-е гг. Лопес де Гомара закончил своё главное сочинение: Primera y segunda parte de la Historia General de las Indias con todo el descubrimiento y cosas notables que han acaecido dende que se ganaron hasta el a?o de 1551. Con la conquista de M?xico de la Nueva Espa?a.
Книга впервые была издана в Сарагосе в 1552 г. Книга отличалась выдающимися литературными достоинствами, и была чрезвычайно популярна: быстро была переведена на итальянский (1560) и французский языки (1578), а в XVII в. Доминго Франсиско Чимальпаин перевёл книгу на науатль.
Трактат состоял из двух частей: в первой, посвящённой королю Карлу V описывались географические открытия испанцев, а также завоевание Антильских островов, Перу и Чили, экспедиция Магеллана. Вторая часть описывала покорение Мексики, и снабжена посвящением «Блистательному дону Мартину Кортесу, маркизу дель Валье де Оахака», сыну завоевателя. Трактат Гомара содержал уникальные сведения, поэтому использовался многими авторами, в частности, Инкой Гарсиласо де ла Вега.
Работу критиковали ещё при жизни автора, а труд Берналя Диаса был написан как опровержение трактата Гомара. Король Филипп II 17 ноября 1553 г. отдал приказ изъять из продажи все экземпляры этого труда, и наложил штраф на все типографии, осмеливавшиеся переиздавать труд де Гомара. Запрещение было снято только в 1727 г., когда труд Гомара был переиздан в антологии Андреаса Гонсалеса Мартиаля Coleccion de historiadores primitivos de las Indias Occidentales. Прочие работы Гомара при жизни не издавались.
В 1749 г. труд Гомара был издан во втором томе «Historiadores primitivos de las Indias Occidentales» Андреса де Барсиа.
В 1826 г. в Мехико вышел обратный перевод труда Гомара с науатль, под названием «Historia de las conquistas de Hernando Cort?s». Переводчик был ошибочно принят за автора.
Отрывки из первой части под названием «Historia de la Conquista del Per?» издавались в Барселоне в 1852 и 1854 гг.
Полный текст Гомара в Мексике был издан только в 1943 г. под редакцией Педро Робредо. Он был озаглавлен «Historia de las Indias y Conquista de M?xico» («История Индий и завоевания Мексики»). Это издание было повторено в 1988 г.
В Испании труд Гомара переиздавался также в 1954 году.