Сын земледельца, только в 12 лет научился читать и писать. В 17 лет уехал в Париж, где несколько лет работал помощником гравёра и одновременно получал образование. В 1710 году начал изучать медицину. Энергичный и трудолюбивый, в 1718 году он получил степень доктора хирургии и стал главным врачом больницы в г. Мант. Местная аристократия стала пользоваться его услугами; благодаря её поддержке ему удалось напечатать первый свой труд: «Observations sur les effets de la saign?e» (1729—1730), в котором он резко восставал против воззрений пользовавшегося большим влиянием при дворе врача Сильва, пытаясь обосновать психологию на физиологии и настаивая на целительном действии природы.
В 1734 году герцог Вильруа предложил ему постоянную работу в качестве медика в своем доме в Париже. В 1737 году он получил профессорскую степень и стал постоянным секретарем Хирургической академии. Как врач мадам де Помпадур, он получил доступ ко двору и в 1752 году стал лейб-медиком короля Франции Людовика XV. В его салоне сходились люди самых разнообразных партий — Д'Аламбер, Дидро, Дюкло, Мармонтель, Бюффон, Гельвеций, маркиз Мирабо, Тюрго; посетил его и Адам Смит, проникшийся уважением к нему.
К экономическим исследованиям Кенэ приступил уже на склоне лет. Первые его статьи по этому предмету были напечатаны в «Энциклопедии» Дидро, в 1756 году, под рубриками «Fermiers» и «Grains».
В 1758 году он напечатал «Экономическую таблицу» с объяснениями, а с 1766 года начал сотрудничать в «Journal de l’Agriculture, du Commerce et des Finances», выходившем под редакцией Дюпона. В этом журнале, а также в другом органе физиократов, «Eph ?m? rides du Citoyen», основанном Бодо, Кенэ и поместил все свои главнейшие экономические статьи: «Dialogues sur les travaux des Artisans», «Observations sur l’int ?r?t de l’argent», «l’Analyse du gouvernement des Incas du P? rou», «Le despotisme de la Chine».
По мнению Кенэ, в мире господствуют законы, установленные Божеством ко благу человека; но реальная жизнь находится в некотором противоречии с принципами естественного и благодетельного порядка. Это несоответствие Кенэ объясняет неразумным пользованием свободной волей и столкновением во всяком обществе двух интересов: чисто личного, который сводится к желанию испытывать наслаждение и избегать страданий, и разумно понимаемого, который учит человека, что, кроме обязанностей перед самим собой и кроме собственных желаний, существуют ещё обязанности перед другими людьми и Богом.
При полной свободе действий разумно понимаемый интерес приобретает господство, и устанавливается всеобщее счастье. Положительное право должно признать прежде всего первейший и основной закон — право каждого на свободу и на возможность пользоваться без помех своей собственностью. Забывая об историческом происхождении неравенства в обладании различными вещами, Кенэ признает за человеком безграничное право распоряжаться своей собственностью как ему угодно, ибо она является результатом его труда.
Всякий человек имеет право на существование и может требовать от общества обеспечения возможности трудиться; но общество обязано дать ему только минимально необходимое количество средств к существованию. Все остальное он может добывать где и как угодно; неравенство вытекает из природы вещей, установлено Творцом для поддержания общей гармонии и обусловливается различием в приобретательных способностях.
Во главе государства Кенэ ставит незыблемую абсолютную власть, которая, по его мнению, одна может осуществить и охранить порядок, основанный на свободном преследовании разумного интереса; только абсолютный монарх не заражен личным интересом, только он один может дать народу познание естественных законов, быть его верховным жрецом. В основу общественной организации Кенэ кладет разделение общества на три класса: производительный класс, состоящий из земледельцев и создающий чистый доход, за счет которого содержатся все классы; класс бесплодный, не создающий ничего нового, а только перерабатывающий добытое первым классом в другую форму, более пригодную для удовлетворения потребностей; класс собственников, ничего не создающий и не перерабатывающий, а только пользующийся чистым доходом.
Чистый доход от земли составляет основу всех рассуждений Кенэ. Он находил справедливым предоставить 4/7 его в пользу собственников, 1/7 в пользу духовенства и 2/7 взять в пользу государства. Существование класса собственников он обосновывал на необходимости свободных и не занятых сил для развития духовной культуры и управления государством. Система Кенэ оказала глубокое влияние на А. Смита и его последователей.
Согласно распространенной точке зрения, особенно среди марксистов, система Кенэ имеет только исторический интерес: все её главнейшие положения, якобы пали под ударами критики и воздействием жизненных фактов. Обосновывается это тем, что якобы никто более не верит в существование раз навсегда установленных законов общественной организации, а оптимистические надежды на действие разумно понимаемого интереса оказались иллюзией. Все виды труда, согласно марксизму, создают ценности; земля не создает чистого дохода, и производство совершается здесь при таких же общих законах, как и во всякой переработке и фабрикации.
Тем не менее, существовали и иные взгляды на наследие Кенэ. Так, начиная с 1960-х гг. систему Кенэ творчески развивал Николай Руденко, а его достижения были высоко оценены Андреем Сахаровым в конце 1970-х., что доказало историческую важность наследия Кенэ как альтернативы марксизму в современном мире.
Сторонники марксизма признают непреходящую ценность системы Кенэ только в некоторых аспектах, например в том, что обмен материальных благ совершается на началах их равноценности, зависящей от одинаковых затрат труда, и что только труд является основой материального благосостояния и культурного развития государств.
Ему пришлось ещё порадоваться, узнав о назначении Тюрго первым министром; но он не дожил до его падения, расшатавшего веру физиократов в возможность осуществления «естественных законов общественной организации» при помощи абсолютной власти.