Получил диплом филолога, затем — экономиста. После защиты в 1928 диссертации об иcследовании проблем прибыли начал преподавать в Лионском университете. В 1934-37 стажировался в Австрии и Германии. После возвращения во Францию читал лекции по политэкономии в Парижском университете (1937-55), затем в Коллеж де Франс и в Институте политических наук. В 1944 основал «Институт прикладной математики и экономики» (ISMEA).
Перру является автором центр-периферийной парадигмы в экономике, которая отвергает традиционный тезис о равноправии участников рынка. Согласно Перру, все экономические субъекты изначально неравноправны и связаны друг с другом отношениями соподчинения, которые формируются естественным образом по мере укрупнения компаний, внедрения некоторыми из них новых технологий и т. д. Те же отношения Перру распространял и на отдельные государства и территории.
Центры принятия решений и генерирования прибыли названы Перру «полюсами роста», которые в ходе своего развития оказывают благоприятный эффект на свою периферию (подчиненные фирмы и территории). Задачей госрегулирования экономики, соответственно, является не макроэкономическое стимулирование, а политика, направленная на создание и поддержку «полюсов роста» и расширение зоны их влияния.
В экономической географии Франсуа Перру считается одним из основопололжников теорий регионального роста (наряду с Торстеном Хагерстрандом и Фридманном Джоном. Теория центр-периферийных отношений в мировой экономике также разрабатывалась Иммануилом Валлерстайном.