Фрэнсис Элиза Ходжсон родилась 24 ноября 1849 года в Манчестере, Англия. В 1865 году, после смерти её отца, семья перебралась в Ноксвилл (Теннесси), США. После смерти матери, 18-летняя Фрэнсис стала главой семьи и занялась воспитанием четырех младших братьев. В 1873 году она вышла замуж за доктора Свана Бернетта и взяла его фамилию.
В 1886 году выходит один из наиболее известных романов Фрэнсис Элизы — «Маленький лорд Фаунтлерой». Книга выдержала более 20 изданий.
В 1898 она развелась с доктором Бернеттом. В 1900 году она вступала в повторный брак, на сей раз со Стивеном Таунсендом, ее деловым партнёром. Этот брак продлился менее двух лет, закончившись разводом в 1902 году.
С середины 1890-ых Фрэнсис Элиза жила главным образом в Англии, в 1905 году она получила американское гражданство и в 1909 году переехала в Соединенные Штаты навсегда.
Фрэнсис Элиза Бёрнетт умерла в Нью-Йорке и похоронена в Рослин Симетери, рядом с могилой её сына Вивиана. В ногах могилы стоит памятник её сыну Лайонелу в натуральную величину.