Ф. фон Гертнер являлся, наряду с Лео фон Кленце, крупнейшим баварским архитектором первой половины XIX века.
Родился в семье архитектора. В 1809 году Гертнер поступает в мюнхенскую Академию изящных искусств. В 1812—1814 годах продолжает обучение в Париже, затем живёт несколько лет в Риме, Неаполе и Сицилии. В 1819 г. выходит его сборник литографий Виды наиболее сохранившихся памятников Сицилии. В том же году Гертнер становится профессором архитектуры в Мюнхене; параллельно он руководит фарфоровой фабрикой в Нимфенбурге. В 1829 году он начинает строительство церкви Святого Людвига в Мюнхене.
Став старшим советником архитектуры и генеральным инспектором Баварии по зодчеству, Ф. фон Гертнер руководит постройкой многих правительственных и общественных зданий. Большинство его работ выдержано в круглоарочном стиле. В 1840 году Герднеру пожаловано дворянство. В 1842 он становится директором мюнхенской Академии.
Похоронен на Старом южном кладбище в Мюнхене.