Под начальством принца Евгения сражался против турок, во время Войны за испанское наследство — против французов; затем поступил на службу к польскому королю Августу II.
В 1726 году назначен императорским послом в Берлин.
В 1737 году действовал во главе императорских войск против турок, сначала с успехом, но вскоре вынужден был отступить за Саву, за что по проискам его врагов был посажен в крепость.
Вступление на австрийский престол Марии-Терезии предоставило ему свободу; тем не менее, он перешел на службу к императору Карлу VII, но после смерти последнего склонил его преемника Максимилиана III к заключению мира в Фюссене (см. Война за австрийское наследство).
После этого Зекендорф жил в своём имении близ Альтенбурга, где в 1758 году Фридрих Великий, заподозрив его в враждебных Пруссии сношениях с Австрией, велел его арестовать; после 6 месячного заключения в крепости он был выпущен на свободу.