Фридрих III имел амбициозные планы по развитию морской торговли. По аналогии с Глюкштадтом, основанным в 1617 году Кристианом IV, он в 1621 году основал с этой целью Фридрихштадт. Потом он попытался проложить торговый путь в Персию, не требующий огибать Африку. С этой целью 6 ноября 1633 года из Гамбурга в Москву отправилась экспедия, которую возглавили торговый агент Отто Брюггеманн и советник герцога Филипп Крузиус, секретарём экспедиции был Адам Олеарий. 14 августа 1634 года экспедиция прибыла в Москву. И хотя им и не удалось заключить торговое соглашение с царём Михаилом, тем не менее сразу после возвращения экспедиции в Готторп 6 апреля 1635 года Фридрих начал готовить следующую экспедицию.
Фридриху пришлось испытать все трудности управления страной в годы Тридцатилетней войны. Он старался проводить политику нейтралитета, что на практике означало отвергание союза с Данией и дрейф в сторону Швеции. В рамках этой политики он выдал дочь Хедвигу Элеонору за шведского короля Карла X. Так как попытка Швеции стать великой державой провалилась, то прошведская политика Фридриха привела к упадку Гольштейн-Готторпа.
Гораздо успешнее Фридрих проявил себя как покровитель наук и искусств. Так, по его распоряжению был создан Готторпский глобус.
Фридрих женился в Дрездене 21 февраля 1630 года на принцессе Марии Елизавете Саксонской. Их дети: