Образование получил под руководством гернгутских теологов. Как у Шлейермахера, вкус к философскому мышлению развился у него на почве узко-исповеднических умозрений.
Как видно из рукописных набросков самого Фриза, которыми воспользовался впоследствии его зять Генке (Henke, «Jakob-Friedrich Fries. Aus seinem handschriftlichen Nachlasse dargestellt», Лейпциг, 1867), личный опыт и занятия психологией поколебали в нём первоначальную непосредственную веру. В своих религиозных настроениях и чувствах он скоро научился отличать искусственное от естественного, намеренное от непосредственного, причём оценил по достоинству значение и роль фантазии в деле возбуждения религиозных эмоций. Учение об искуплении стало мало-помалу вызывать в нём некоторые логические, а также этические недоумения. Религиозная жизнь, однако, не утратила для него значение. Он никогда не переставал придавать символическую ценность религиозным представлениям и, невзирая на все своё отрицательное отношение ко всякой догматике, всегда чувствовал и сознавал своё духовное родство с братской общиной гернгутеров.
Своё первоначальное философское крещение он получил от Канта, с сочинениями которого (сперва в обработке и изложении Рейнгольда) он познакомился ещё в семинарии братской общины. Психологический анализ теоретико-познавательной основы, которому Кант придавал столь большое значение в ранний период своей философской деятельности и который у него впоследствии все более и более отступает на задний план, представлялся Фризу делом первостепенной важности. Провести и обосновать такой анализ он поставил задачей своей жизни.
В Лейпциге он слушал оказавшие на него сильное влияние лекции психолога Платтнера; в Йену попал в самый расцвет философской славы Фихте. В 1805 г. он приглашён был профессором философии и математики в Гейдельберг, в 1816 г. — в Йену. Здесь он выпустил в свет свой труд «Wissen, Glaube und Ahndung», представляющий собой популярное изложение его теоретико-познавательных и религиозно-философских взглядов. Вслед за этим вышло его главное сочинение: «Neue Kritik der Vernunft» (1806—07; 2 изд., 1828—31, Гейдельберг).
Кроме влияния Канта, на Фризе отразилось влияние Якоби. Несмотря на это, положение его вполне самостоятельное; своё отношение к Канту, Якоби и романтической философии он попытался определить ближайшим образом в полемической статье, направленной против Шеллинга: «Von deutscher Philosophie, Art und Kunst» (1812). В 1816 г. он перешёл в Йену профессором теоретической философии. Свобода его политических убеждений навлекла на него неудовольствие правительства. За участие в известных вартбургских демонстрациях 1817 г. Фриз, несмотря на заступничество Карла-Августа, принужден был отказаться от преподавания философии и стал читать физику и высшую математику. О деятельности его в этих областях с похвалой отзывались Гаусс и Александр фон Гумбольдт.
По мнению Фриза, к трём «критикам» Канта должен быть добавлен их обнимающий принцип систематики. Обосновать последний он стремился, однако, не чисто умозрительным путём, но при помощи «естественного учения о человеческом духе», которое он сам называл философской антропологией, откуда и система его получила название антропологизма. Вещи мы не познаем так, как они существуют сами по себе, а только как явления. Все доступное нашим чувствам является объектом знания, сверхчувственное — объектом веры, откровение сверхчувственного в чувственном — объектом гадания (Ahndung).
Следующие три положения могут быть признаны, как справедливо указывает Ибервег, выражающими основной смысл Фризовой философии:
Вокруг философских учений Фризе сгруппировалась целая школа его последователей, к которой, кроме Шлейдена, принадлежат: Apelt, Mirbt, van Calker, Hallier, Th. Schmid, математик Шлемильх и теолог де Ветте. Влияние Фриза сказалось также на Бенеке, а в новейшее время — на Ю. Б. Мейере, стороннике психологического эмпиризма.
?ризу принадлежит также несколько крупных трудов по математике и физике: