Родился 15 июня 1914 года в селе Токаево (Чувашия) в семье крестьянина.
Закончил семилетнюю школу, работал в колхозе.
В 1932 году Геннадий Габайдулович переезжает в город Горький (ныне Нижний Новгород), работает на автозаводе сначала учеником, потом мотористом. С 1936 по 1939 год Габайдулин служил в Красной Армии на Дальнем Востоке. Демобилизовался в звании младшего командира пулемётного взвода, вернулся к работе на Горьковском автозаводе. Член ВКП(б)/КПСС с 1944 года.
В августе 1941 года Габайдулин добровольцем ушёл на фронт. Был назначен командиром отделения разведчиков 24-го отдельного миномётного дивизиона (29-я армия, Калининский фронт). Боевое крещение получил в боях за Москву. 7 февраля 1942 года под городом Ржевом шестеро разведчиков под командованием гвардии сержанта Габайдулина попали в немецкую засаду. Раненный Габайдулин после гибели товарищей один вёл бой до тех пор, пока не подошло подкрепление.
24 марта 1942 года за проявленное в бою мужество и отвагу Указом Президиума Верховного Совета СССР Геннадию Габайдуловичу Габайдулину было присвоено звание Героя Советского Союза.
После окончания ускоренного курса Арзамасского военного училища Габайдулин был командиром взвода управления в части гвардейских миномётов на Ленинградском фронте. Участвовал в снятии блокады Ленинграда. Затем сражался на Карельском перешейке, был ранен при взятии Выборга.
После лечения в госпитале Геннадий Габайдулович вернулся в действующую армию. Принимал участие в освобождении города Магдебурга и штурме Берлина.
В декабре 1945 года гвардии старший лейтенант Габайдулин демобилизовался. Он вернулся в город Горький, вырастил двух дочерей и сына. До выхода на пенсию работал на Горьковском автозаводе.
Умер 14 мая 1981 года в городе Горьком.Похоронен на Старо-автозаводском кладбище Нижнего Новгорода
На доме, где жил Герой Советского Союза, установлена мемориальная доска.