Габриэль Грубер родился в Вене, в возрасте 15 лет вступил в Орден иезуитов. С 1757 года по 1758 год изучал латинский и греческий языки в Леобене, Австрия. Потом в Граце с 1757 года по 1760 год занимался философией. В Трнаве с 1761 по 1762 изучал математику. В 1766 году в Граце был рукоположен во священники.
Грубер был высококлассным инженером, специалистом в области механики и гидродинамики, разбирался в архитектуре, математике и навигации. В 1769 году он начал преподавать в Высшей Инженерной школе в Любляне.
После роспуска Ордена иезуитов в 1773 году папой Климентом XIV Грубер стал работать инженером при дворе австрийского императора Иосифа II. По его проекту был построен Дворец Грубера (ныне здание Архива Словении) в Любляне, а также создан Груберов канал. Дворец использовался Грубером в качестве лаборатории по изучению механики и гидравлики.
В 1784 году Грубер прибыл в Белоруссию, где до 1800 года преподавал архитектуру и физику в Полоцкой иезуитской коллегии. Его стараниями Полоцкая коллегия расширила научную базу и превратилась в крупный технический центр. Деятельность Грубера получила одобрение императрицы Екатерины II и императора Павла I, с которым Грубер познакомился в 1797 году время посещения императором Полоцка.
В феврале 1799 года прибыл в Санкт-Петербург. В июне 1799 года встретился с Павлом I, который заверил его в своём намерении поддерживать иезуитский орден, видя в нем средство борьбы с влиянием Французской революции. Грубер смог войти в доверие к императору, так как сумел вылечить его жену от хронических зубных болей; он настолько вошел в доверие к Павлу, что получил права входа к императору без доклада. В октябре 1800 года император издал указ, по которому иезуиты получали право руководить системой образования в Литве; их опеке была передана Церковь святой Екатерины Александрийской в Санкт-Петербурге. Грубер был назначен ассистентом генерального викария Общества Иисуса в России Франциска Каре. Известно, что Наполеон вел тайную переписку с Грубером, и Грубер вел активную пронаполеоновскую политику в Петербурге.
В июне 1799 года Грубер представил Павлу I просьбу, чтобы император обратился к Римскому Папе по поводу формального признания существования Ордена иезуитов в пределах Российской империи, который в то время был распущен Римским Папой, но орденские структуры всё же продолжали действовать на территории Российской империи. Как отмечал Грубер, признание иезуитского ордена на территории России способствовало бы притоку бывших членов ордена в Россию, где они были бы полезны в деле воспитания. Грубер призвал Павла I стать «восстановителем и ангелом-хранителем Общества Иисуса». В августе 1800 года Павел I направил папе Пию VII письмо с просьбой признать иезуитский орден в России. Соответствующее бреве Папы было издано в марте 1801 года. В нём папа признавал каноничность иезуитских структур в России и соглашался на то, чтобы генеральный викарий Общества Иисуса в России и его преемники носили титул «Генерал ордена в России». После смерти Франциска Каре 22 октября 1802 года генералом был избран Грубер.
При императоре Александре I привилегии иезуитов были уменьшены. Стараниями Грубера были созданы иезуитские миссии в Саратове (1803), Одессе (1804) и Астрахани (1805). В 1803 году было восстановлено присутствие иезуитов в Риге. Грубер поддерживал связи со всеми бывшими членами иезуитского ордена, привлекая их для миссии в Белоруссию. Он добился от римского папы восстановления иезуитских структур в Неаполитанском королевстве со статусом филиала Общества Иисуса в Санкт-Петербурге. Годы пребывания Грубера в России отмечены распространением католических идей среди русской интеллигенции.
Габриэль Грубер погиб 7 апреля 1805 года во время пожара в своей резиденции. Его преемником на посту Генерала ордена стал Тадеуш (Фаддей) Бжозовский. Его гибель произошла буквально за 2 недели до заключения в Петербурге антинаполеоновского союза между Англией и Россией, поэтому его гибель не все считали «случайной».