Профессор Технологического института в Цюрихе, гидроинженер. Родной брат Нарутовича, Станислав (Станисловас Нарутавичюс), сделал карьеру как литовский политик и участвовал в провозглашении независимой Литвы в 1918 году. Габриэль Нарутович присутствовал в польской политике с 1919 года как беспартийный депутат; был министром общественных работ, затем иностранных дел. Избран на пост президента республики Сеймом, после чего ему передал власть «Глава государства» маршал Юзеф Пилсудский. Интересно, что одним из кандидатов был другой учёный — знаменитый российско-польский лингвист И. А. Бодуэн де Куртенэ.
Так как избрание Нарутовича было поддержано левыми и коалицией национальных меньшинств (евреев, украинцев, литовцев и др.), сразу же против него была развёрнута кампания националистами, объявившими его «президентом евреев», «не знающим польского» и т. п.
16 декабря новоизбранный президент был застрелен на художественной выставке в Варшаве экстремистом Элигиушем Невядомским — критиком-модернистом и художником, придерживавшимся крайне правых взглядов. Невядомский был приговорён к смертной казни и расстрелян 31 января 1923 года в Варшавской цитадели. На похоронах убийцы присутствовало 10 тысяч человек, и националисты объявили его мучеником.
Гибель Нарутовича усилила политическую нестабильность в стране и скепсис Пилсудского по отношению к республиканским властям; возникший кризис закончился Майским путчем 1926.
На похороны президента Юлиан Тувим написал обличительное стихотворение:
Судьба Нарутовича легла в основу фильма Ежи Кавалеровича «Смерть президента» (1977).