После ранней смерти родителей Мендьета рос в бедности в католическом детском доме. Все свободное время он уделял игре в футбол и пению в церковном хоре.
Спортивную карьеру Мендьета начал в 1991 году в городе Кастельон-де-ла-Плана в клубе «Кастельон». Успехи молодого игрока были настолько значительными, что уже через год его пригласили в «Валенсию». В конце 90-х Валенсия становится одним из сильнейших клубов не только Испании, но и Европы. В 2000 и 2001 годах Мендьета в ранге капитана команды дважды приводил клуб к финалам Лиги чемпионов. Одним из лучших полузащитников интересовались такие клубы, как Барселона. Футбольную карьеру Мендьета завершил в клубе «Мидлсборо», за который выступал 5 лет.
Мендьета является одним из лучших пенальтистов за всю историю профессионального футбола. Однако распространенное мнение о том, что он забил все пенальти, которые ему доводилось бить, неверно .
Лучший полузащитник европейского сезона 1999/00, 2000/01 годов. (по версии UEFA)