При постоянном конфликтном состоянии отношений между Ойратским государством и цинским Китаем, и при Галдан-Цэрэне, начиная с 30-х годов XVIII столетия, не прекращаются военные действия против войск маньчжурского императора Китая Юнчжэна. Задачей, поставленной перед собой ойратским ханом было отвоевание у Китая Халхи (Северной Монголии), объединение её с Джунгарией и создание таким образом самостоятельного монгольского феодального государства.
В 1739 году заключил с Китаем мирное соглашение, по которому граница между Ойратским ханством и Халхой была установлена по Алтайским горам. Проводил Галдан-Цэрэн завоевательную политику и на западе от Монголии. Так, в 1740, 1741-42 и в 1743 годах его войска совершили походы в Казахстан.