Основная часть карьеры футболиста связана с клубом «Бавария», в котором он играл в качестве защитника.
Обладавший превосходной реакцией и скоростью, левша Ганс занимал, в основном, позицию левого защитника. В составе «Баварии» завоевал Кубок Германии в 1957 году, в финальном матче была обыграна «Фортуна» из Дюссельдорфа.
Бауэр принимал участие в пяти матчах национальной сборной Германии, в период между 1951 и 1958 годами. Пик его карьеры пришёлся на момент его участия в чемпионате мира 1954 года, который сборная ФРГ выиграла.