В молодости Айзенк увлекался астрологией и даже посылал гороскопы руководителям нацистской партии. Вскоре после прихода к власти нацистов эмигрировал в Англию. Планировал поступить на физический факультет, однако требования к поступающим там оказались иными, чем в Германии, и в результате он выбрал психологию. Образование получил в Лондонском университете (доктор философии и социологии). С 1939 по 1945 год работал в качестве психолога-экспериментатора в госпитале Mill Hill Emergency, с 1946 по 1955 год — заведующий основанного им отделения психологии при Институте психиатрии госпиталей Маудсли и Бетлем, с 1955 по 1983 год — профессор Института психологии при Лондонском университете, а с 1983 года — почётный профессор психологии.
Ряд исследований Айзенка были восприняты как «шокирующие»; их темы, вполне нормальные для нацистской Германии, в Европе представлялись неприемлемыми. В частности, он исследовал психологические различия между представителями различных рас.
Основатель и редактор журналов «Personality and Individual Differences» и «Behaviour Research and Therapy». Начал свои исследования базовых признаков личности с анализа результатов психиатрического обследования, включающего описания психиатрических симптомов, контингента солдат — групп здоровых и признанных невротиками. В результате этого анализа было выделено 39 переменных, по которым данные группы оказались существенно различными и факторный анализ которых позволил получить четыре фактора, в том числе факторы экстраверсии-интроверсии и нейротизма («Dimensions of Personality», L. 1947). В качестве методологической базы Айзенк ориентировался на понимание психодинамических свойств личности как обусловленных генетически и детерминированных в конечном счете биохимическими процессами («The Scientific Study of Personality», L., 1952). Первоначально он интерпретировал экстраверсию-интроверсию на основе соотношения процессов возбуждения и торможения: для экстравертов характерны медленное формирование возбуждения, его слабость и быстрое формирование реактивного торможения, его сила и устойчивость, для интровертов же — быстрое формирование возбуждения, его сила (это связано с лучшим образованием у них условных рефлексов и их обучением) и медленное формирование реактивного торможения, слабость и малая устойчивость. Что же касается нейротизма, то Айзенк считал, что невротические симптомы представляют собой условные рефлексы, а поведение, представляющее собой избегание условно-рефлекторного раздражителя (сигнала опасности) и устраняющее тем самым тревожность, является самоценным.
Необходимо отметить, что Айзенк переосмыслил термины экстраверт и интроверт, введенные К. Г. Юнгом — изначально они имели иное содержание.
В работе «Биологические основы индивидуальности» («The Biological Basis of Personality», Spriengfield, 1967) Айзенк предложил уже следующую интерпретацию этих двух личностных факторов: высокая степень интроверсии соответствует снижению порога активации ретикулярной формации, поэтому интроверты испытывают более высокое возбуждение в ответ на экстероцептивные раздражители, а высокая степень нейротизма соответствует снижению порога активации лимбической системы, поэтому у них повышена эмоциональная реактивность в ответ на события во внутренней среде организма, в частности, на колебания потребностей. В результате дальнейших исследований с применением факторного анализа Айзенк сформулировал «трёхфакторную теорию личности».
Эта теория опирается на определение черты личности как способа поведения в определенных жизненных областях: на низшем уровне анализа рассматриваются изолированные акты в специфических ситуациях (например, проявляющаяся в настоящий момент манера вступать в разговор с незнакомым человеком); на втором уровне — часто повторяющееся, привычное поведение в содержательно похожих жизненных ситуациях, это — обычные реакции, диагностируемые как поверхностные черты; на третьем уровне анализа обнаруживается, что повторяющиеся формы поведения могут объединяться в некоторые содержательно однозначно определяемые комплексы, факторы первого порядка (обыкновение бывать в компании, тенденция активно вступать в разговор и пр. дают основания постулировать наличие такой черты как общительность); наконец, на четвёртом уровне анализа содержательно определенные комплексы сами объединяются в факторы второго порядка, или типы, не имеющие явного поведенческого выражения (общительность коррелирует с физической активностью, отзывчивостью, пластичностью и пр.,), но основанных на биологических характеристиках. На уровне факторов второго порядка Айзенк выделил три личностных измерения: психотизм (P), экстраверсию (E) и нейротизм (N), которые рассматривает как генетически обусловленные активностью ЦНС, что свидетельствует о их статусе черт темперамента.
В огромном числе прикладных исследований, которые Айзенк провел для доказательства своей теории, чаще всего вместе со специалистами в соответствующих областях, была показана важность различий по этим факторам в статистике преступности, при душевных заболеваниях, в предрасположенности к несчастным случаям, в выборе профессий, в выраженности уровня достижений, в спорте, в сексуальном поведении и т. д. Так, в частности, было показано, что по факторам экстраверсии и нейротизма хорошо дифференцируются два типа невротических расстройств: истерический невроз, который наблюдается у лиц холерического темперамента (нестабильные экстраверты) и невроз навязчивых состояний — у лиц меланхолического темперамента (нестабильные интроверты). Им также были проведены многочисленные фактор-аналитические исследования различных психологических процессов — памяти, интеллекта, социальных установок.
Айзенк — один из авторов «трёхфазной теории возникновения невроза» — концептуальной модели, описывающей развитие невроза как системы выученных поведенческих реакций («The Causes and Cures of Neuroses» (совместно с Rachmann S.), L., 1965); на основе этой поведенческой модели были разработаны методы психотерапевтической коррекции личности, в частности, одна из вариаций аверсивной психотерапии и невроз, конституция и личность.