Гануш Швайгер родился в зажиточной еврейской семье, его отец был крупным торговцем металлом.
В 1865 году Гануш поступает в родном городе в гимназию, однако из-за низкой успеваемости через два года переходит в реальное училище в Чешских Будейовицах. Здесь он впервые начинает серьёзно заниматься живописью.
В 1873 году Гануш Швайгер учится в венской Торговой вкадемии, параллельно посещая местную Академию изящных искусств. Узнав об этом, родители Гануша вернули его в Йиндржихов Градец и вынудили поступить на службу в семейную торговую фирму. Однако к этому времени «хобби рисования» уже настолько овладело молодым художником, что он не помышлял ни о чём другом, кроме живописи.
В 1874 году он, несмотря на сопротивление семьи, возвращается в Вену и поступает в Академию искусств. Его первый графический цикл (рисунки тушью) был куплен профессором Гансом Макартом, в связи с чем Швайгеру была обеспечена временная финансовая независимость от отца. В 1881 году он покидает Академию и, без средств к существованию, возвращается домой. Начиная с 1883 года Швайгер занимается иллюстрированием литературы (сказок).
В 1888 году он совершает поездку в Нидерланды, давшую материалы для ряда его картин. В 1889 году, по приглашению художника Йожа Упрка, Швайгер соваршает путешествие в Моравскую Словакию. Во время этой поездки художник знакомится со своей будущей супругой, учительницей Йожкой Кучеровой, накоторой в 1891 году женится.
В 1896 году художник вновь посещает Бельгию и Нидерланды, а затем едет в Италию, где от получает заказ на копирование фресок в веронском монастыре Сантуарио делла Мадонна ди Лурд. С сентября 1899 года Швайгер преподаёт в Техническом университете в Брно. К 1900 году он создаёт для братьев Тонет шесть акварелей на тему фабричного производства, которые затем были выставлены на парижской Всемирной выставке.
В 1902 году семья Швайгеров перебирается в Прагу, и Гануш получает место профессора в Академии изящных искусств. Среди его учеников — несколько известных чешских художников: Наске, Кубин, Йелинек, Блажичек, Кремличка, Рабас.
В 1906 году он заболел раком (языка), был неоднократно оперирован. Скончался вследствие этой болезни.
Большое влияние на творчество Г.Швайгера оказала живопись старых голландских мастеров. Природа Нидерландов и родной Чехии вдогхновила художника на создание многочисленных пейзажей. Характерны для него также иллюстрации на темы сказок и легенд.
Г.Швайгер был близким другом Томаша Масарика, первого Президента независимой Чехословакии.