Гарсия II был старшим сыном короля Санчо II Абарки из династии Хименес и его жены Урраки Фернандес. После смерти своего отца в декабре 994 года Гарсия Санчес взошёл на престол королевства Наварра и сразу же разорвал заключённый его предшественником мир с Кордовским халифатом, отказавшись выплачивать халифу Хишаму II ежегодную дань. Новый король заключил союз против мавров с графом Кастилии Гарсией Фернандесом, однако тот в 995 году в битве при Пьедрасильяде потерпел поражение от фактического правителя халифата аль-Мансура и вскоре скончался в плену. Новый граф Кастилии, Санчо Гарсия, был вынужден заключить мир с маврами на условиях признания себя вассалом Кордовского халифата. В этом же году дать согласие выплачивать халифу дань был принуждён аль-Мансуром и король Леона Бермудо III. Оставшись без союзников, король Гарсия II в 996 году также заключил мир с мусульманами. Для этого он лично прибыл в Кордову, где поклялся быть верным халифу и платить тому ежегодную дань. В начале следующего года в Памплону прибыло посольство от халифа, которое ещё раз получило от короля подтверждение условий мира и потребовало от Гарсии Санчеса освободить всех пленников-мусульман, находившихся в Наварре.
Мир с маврами не был продолжительным: в этом же, 997 году, король Гарсия II Санчес напал на принадлежавший мусульманам Калатаюд, взял город и убил местного правителя, брата аль-Мансура. В ответ аль-Мансур приказал казнить 50 знатных наваррских заложников (в том числе и членов королевской семьи), содержавшихся в Кордове, и предполагал казнить ещё множество христиан. Только ходатайство за них сына аль-Мансура Абд ар-Рахмана Санчуэло, племянника по матери короля Гарсии II Санчеса, остановило казни. Весной 999 года аль-Мансур с большим войском вторгся в Наварру, взял и разрушил Памплону, вынудив короля Гарсию II вновь признать себя данником Кордовского халифата. Но и на этот раз, как только войско мавров покинуло его владения, король Наварры отказался от выполнения своей клятвы и снова заключил союз с графом Кастилии. В 1000 году объединённое войско короля Наварры Гарсии II, графа Кастилии Санчо Гарсии и графа Сальдании Гарсии Гомеса выступило навстречу направлявшемуся с войском в Кастилию аль-Мансуру. В битве при Сервере, состоявшейся 29 июля, перевес сначала был на стороне войска союзников, однако затем из-за неожиданно возникшей в рядах христиан паники, превратившейся во всеобщее бегство христианских воинов с поля боя, аль-Мансуру удалось одержать победу. Обе стороны понесли значительные потери. Среди погибших, как предполагает большинство историков, находился и король Гарсия II Санчес.