Гаспар II де Колиньи происходил из древнего, но не слишком знатного бургундского рода. Род Колиньи можно проследить до XI века. В царствование короля Людовика XI, его предки перешли на службу к королю Франции. Его родители, Гаспар I де Колиньи, маршал Франции, и Луиза де Монморанси, сестра будущего коннетабля Франции Анна де Монморанси, имели 5 детей, в том числе, троих сыновей — Оде, Кардинала де Шатильон, Гаспара и Франсуа, сеньора д’Андело, — сыгравших важную роль во время Религиозных войн во Франции.
В 1537 году был представлен ко двору Франциска I, где скоро подружился с молодым герцогом Франсуа де Гизом. Уже в 1543 году оба они провожали короля на войну, а вскоре после этого Колиньи вступил в ряды действующей армии и сразу обратил на себя внимание мужеством и талантливостью, умением организовать войска, держать солдат в дисциплине и воодушевлять их. Во время войны с Карлом V и Генрихом VIII английским он выказал способности и на дипломатическом поприще, успев путём переговоров оставить за Францией Булонь.
В 1547 году был назначен генеральным полковником французской пехоты, с 1551 года — губернатором Парижа и Иль-де-Франс, с 1555 года — Пикардии. В 1552 году назначен адмиралом Франции.
В чине адмирала принимал участие в войне с Лотарингией, где способствовал завоеванию трёх епископств и победе при Ренти. Последняя была причиной его разрыва, а затем и глубокой вражды с Франсуа де Гизом, который хотел приписать себе честь этой победы. Но особенно Колиньи прославил себя в этой войне обороной Сен-Кантена (1557), там он был взят в плен испанцами, переправлен в Гент, где и пробыл около двух лет.
В это время, благодаря уединению, чтению Библии, переписке с братом (д’Андело), уже принадлежавшим к реформатской церкви, Колиньи присоединился к кальвинизму и убедил сделать то же и свою жену. В октябре 1559 года Колиньи был освобождён из испанского плена и вернулся во Францию. На родине он стал одним из лидеров протестантского движения, принял активное участие в Религиозных войнах. В 1560 году на съезде нотаблей он открыто объявил себя кальвинистом, подав королю от имени реформатов записку с просьбой дать им несколько церквей для богослужения. В 1562 году, во время первого периода Религиозных войн, он был помощником Конде, начальствовавшего войсками реформатов, а после битвы при Дрё 19 декабря 1562 года, когда Конде был взят в плен, принял на себя главное начальство, укрывшись в Орлеане. Франсуа де Гиз осадил город, но вскоре погиб от руки убийцы. После смерти Гиза начались переговоры о мире. В марте 1563 года лидеры гугенотов и католиков при посредничестве Екатерины Медичи заключили Амбуазский мир. Но в 1567 году гугеноты опять взялись за оружие и, благодаря стратегическому искусству Конде и Колиньи, быстро занявших все окрестности Парижа и Сен-Дени, успешно вели эту войну.
В 1569 году в битве при Жарнаке Конде был взят в плен и убит. Совместно с Генрихом Наваррским Колиньи возглавил дальнейшую борьбу гугенотов. В июне 1569 года они соединились с немецкими наёмниками во Вьенне и осадили Пуатье. Отчаянная оборона города, которой руководили сыновья Гиза (Генрих Гиз и Шарль Майеннский), заставила гугенотов отступить. 3 октября они потерпели поражение при Монконтуре от герцога Анжуйского. К весне 1570 года Колиньи набрал новую армию и двинулся на Париж. Разбив королевские отряды в Бургундии, он спустился по долине Луары и стал угрожать Орлеану и Парижу. Карл IX был вынужден заключить с ним Сен-Жерменский мир.
Во всех религиозных войнах того времени Колиньи принимал самое деятельное участие, тем самым возбудив к себе глубокую ненависть всех католиков и Гизов. Он несколько раз со времени первой религиозной войны (1562) подвергался нападениям убийц, но оставался невредимым до 22 августа 1572 года. К этому времени Колиньи сблизился с Карлом IX, мечтавшим с помощью адмирала, который пользовался большим уважением у реформатов во всей Европе, присоединить к Франции Нидерланды. В 1571 году Колиньи вошел в состав Королевского совета. Став ближайшим советником Карла IX, Колиньи побуждал его к войне с католической Испанией (которую считал основным врагом Франции) в союзе с Англией.
Екатерина Медичи увидела в сближении короля с Колиньи опасность для своей власти и решилась избавиться от адмирала: 22 августа, когда он поздно вечером ехал из Лувра мимо дома, принадлежавшего Гизам, из окна в адмирала выстрелил наёмный убийца Моревель. Пуля только ранила Колиньи в руку и его отвезли домой, а убийца успел скрыться. Но в Варфоломеевскую ночь Колиньи погиб одним из первых.