Родился 1 августа 1907 года в посёлке Нор-Баязет, ныне город Камо (Армения), в крестьянской семье. Армянин. Окончил 7 классов. Работал рабочим на электростанции.
В Красной Армии с 1924 года. В 1928 году окончил Армянскую объединённую военную школу. Член ВКП(б)/КПСС с 1928 года. На фронтах Великой Отечественной войны с июня 1941 года. В 1943 году окончил Военную академию имени М. В. Фрунзе. С 9 октября 1943 года по 7 января 1944 года командовал 209-м гвардейским стрелковым полком.
Командир 209-го гвардейского стрелкового полка (73-я гвардейская стрелковая дивизия, 7-я гвардейская армия, Степной фронт) гвардии подполковник Гедеон Микаелян с боями 24 сентября 1943 года вышел с вверенным ему полком к реке Днепр в районе села Старый Орлик (ныне село Орлик Кобелякского района Полтавской области Украины).
Очистив левый берег от противника, воины-гвардейцы полка под командованием Микаеляна ночью на подручных средствах форсировали Днепр и, овладев островом Глинск-Бородаевский, прочно закрепился на плацдарме.
После войны Микаелян продолжал службу в армии. В 1951 году он окончил Ереванский государственный университет. С 1953 года полковник Микаелян ушел в запас.
Жил в столице Армении — городе Ереван, работал научным сотрудником Института археологии Академии наук Армянской ССР. Скончался 1 декабря 1985 года.