Родился 14 июня 1920 года в Златоусте (ныне Челябинская область). Родители будущего композитора — Нестер Иванович и Ида Августовна — приехали в Советскую Россию в 1918 из Финляндии, в числе многих других соотечественников, вынужденных покинуть страну в связи с ее отделением после Октябрьской революции. Первые годы они работали в городе Златоусте Челябинской области, где и родился сын Гельмер. Затем семья некоторое время жила в Карелии, а в 1924 переехала в Ленинград. В 1928 семья Синисало вернулась в Петрозаводск, где мальчик начал обучаться игре на флейте в классе Н. А. Солнышкова, продолжив затем своё обучение в Петрозаводском музыкальном училище с 1935 по 1939 год.
После окончания училища работал солистом симфонического оркестра Карельского радио в 1936—1941 и 1944—1956 годах. Совершенствовался как композитор в 1952—1955 годах в МГК имени П. И. Чайковского и ЛГК имени Н. А. Римского-Корсакова у Н. И. Пейко и В. В. Волошинова, соответственно. В 1948—1957 годах преподавал в Петрозаводском музыкальном училище, в 1950—1952 — руководил Ансамблем народной песни и танца «Кантеле». В 1956 году закончил исполнительскую карьеру, решив целиком посвятить себя композиции. Возглавив карельское отделение СК СССР, членом которого являлся с 19 лет, Синисало оставался на этой должности до самой смерти. Как композитор и общественный деятель, внёс большой вклад в развитие музыкального искусства Карелии, неоднократно получал различные премии и награды.
Будучи от природы очень веселым человеком, часто шутил о себе, намекая на фамилию: «В детстве я был от худобы весь синий-синий, а сейчас я — сплошное сало».
Умер 2 августа 1989 года. Похоронен в Петрозаводске на Сулажгорском кладбище.
Писать музыку Синисало начал ещё в студенческие годы, первое его крупное сочинение — Концерт для флейты с оркестром, созданный в 1940 году. Синисало — автор первой карельской симфонии «Богатыри леса», ряда симфонических и камерных сочинений, балетов, среди которых наиболее известен «Сампо» (по мотивам эпоса «Калевала»). Балет был написан на основе более ранних сочинений композитора — хореографической поэмы «Победа» и одноактного балета «Кюлики», партитуры которых были утрачены во время войны, и впервые поставлен в Петрозаводске 27 марта 1959 года. Это произведение имело большой успех и неоднократно исполнялось как в СССР, так и за рубежом.
В музыке Синисало преобладают эпические, лирико-пасторальные и танцевальные мотивы, заметно влияние русской музыки XIX века, а также Я. Сибелиуса и народной музыки Карелии, Финляндии и России.