Воспитанник ДЮСШ «Металлург» Запорожье. Первый тренер — П. Тищенко. В составе «Металлурга» провёл два сезона в первой лиге.
От призыва в армию всячески уклонялся, продолжая при этом играть за «Металлург». В итоге был арестован военным патрулем прямо на стадионе в Запорожье. Армейскую службу проходил в Одессе, играя в составе СКА.
В 1985 году перешел в «Черноморец». Был даже внесен в заявку команды на Кубок УЕФА 1985/86, но ни одного матча не сыграл. С 1986 стал играть постоянно в основе команды на месте левого полузащитника. В 1989 выбран капитаном команды.
В московский «Спартак» сначала звал Константин Бесков в 1988 году, но Геннадий отказал. Через год приглашение повторилось и Перепаденко переехал в Москву. В состав «Спартака» вписался быстро и стал игроком основы.
В 1990 году провёл три матча за сборную СССР.
Осенью 1991 уехал играть в израильский «Хапоэль Цафририм (Холон)», откуда потом перебрался в испанский «Бадахос». Вместе с командой 3 года играл в Сегунде, отчетливо понимая, что клубу не по силам подняться дивизионом выше. На третий год из-за конфликта с новым тренером вынужден был разорвать контракт с клубом.
Летом 1995 завершил карьеру и вместе с семьей переехал в Барселону. Стал работать футбольным агентом, помогал (вместе с Дмитрием Галяминым) российским легионерам устроиться в Испании.
Спустя некоторое вернулся в футбол, став главным тренером любительской команды «Виста Легра» из пригорода Барселоны Кастель-де-Фельса (играть не мог, поскольку оставался на тот момент иностранцем). В первом сезоне под его руководством команда заняла 7-е место среди 20 команд. К данной тренерской работе относился как к увлечению и разрядке после тяжелого рабочего дня.
С июля 2003 один из владельцев швейцарского «Виля».
Сейчас проживает в Испании, занимается бизнесом.
Младший брат Сергей — также бывший футболист.