Геннадий Тищенко родился в Баку. Большое влияние в юности оказали на него книги Константина Циолковского и Ивана Ефремова: «Именно книги Циолковского и Ефремова сформировали во мне веру в то, что лишь исследование и освоение Вселенной гарантирует гармоничное развитие земного общества и бессмертие человечества».
В 1966—1968 годах учился на курсах художников-мультипликаторов при киностудии «Азербайджанфильм». В 1960-е годы начал писать картины на фантастические темы. В 1970 году победил на Международном конкурсе художников-фантастов «Мир завтрашнего дня». В 1974—1979 годах учился на архитектурном факультете Азербайджанского инженерно-строительного института.
После окончания Высших курсов сценаристов и режиссёров (1982—1984) Тищенко работал над мультфильмами как режиссёр, мультипликатор и сценарист. Дипломной работой стал мультфильм «Из дневников Ийона Тихого» (1985) по рассказу Станислава Лема. Работал в творческом объединении «Экран» (1988—2000). Снял около десяти мультфильмов, в том числе «Вампиры Геоны», «Хозяева Геоны» и «АМБА» — начало неосуществлённого сериала «Звёздный мир». Снимал рекламные и музыкальные клипы, документальные фильмы. В 2004 году на фестивале «Звёздный мост» был показан мультфильм «Мистер Блисс» по одноимённой сказке Толкина.