Геннадий Ширяев родился в Красноярском крае. В 1981 году окончил с отличием Сибирский технологический институт (Красноярск). С 1982 по 1984 год работал в лесхозе Казачинского района, был главным лесничим.
В 1984 году поступил на службу в органы безопасности, служил в оперативных подразделениях, занимал должность заместителя начальника управления ФСБ России по Красноярскому краю.
В ноябре 2006 года в звании полковника был назначен исполняющим обязанности начальника Красноярского управления ФСКН России. Указом Президента Российской Федерации от 13 марта 2007 года № 335 утверждён в этой должности.
Указом Президента России от 19 февраля 2010 года № 224 ему присвоено звание генерал-лейтенанта полиции.
Был женат, имел двух взрослых детей.
Скончался от рака 30 октября 2010 года, похоронен 1 ноября 2010 года на Аллее славы красноярского кладбища Бадалык.