Родился 15 августа 1956 года в Коломне, Московская область.
Закончил педагогический институт по профессии преподаватель английского языка. Затем окончил школу контрразведки, институт КГБ имени Ю. В. Андропова (сейчас академия внешней разведки), служил в армии, заведовал отделом горкома ВЛКСМ.
С 1982 года по 1992 год работал в КГБ СССР.
С 1992 года — президент охранного объединения «Оскордъ», вице-президент московского международного фонда содействия ЮНЕСКО,
С 2001 года — депутат Государственной Думы РФ от Коломенского одномандатного округа после смерти в 2000 году действующего депутата-одномандатника Г. С. Титова.
Был лидером Народной партии. В Госдуме состоял во фракции «Единая Россия», в 2007 году вышел из неё.
Член фракции «Справедливая Россия — „Родина“ (народно-патриотический союз)». Член Комитета ГД по безопасности. Председатель Народной партии Российской Федерации.
В декабре 2008 года предложил вернуть рекламу пива в российские СМИ в полном объеме.
Создатель и владелец группы компаний «Оскордъ» — холдинга охранных агентств, развившегося в 1990-е гг. бизнеса. По сообщениям СМИ, к 1996 году в фирме работало около трех тысяч человек, из которых больше половины составляли бывшие сотрудники спецслужб и правоохранительных органов.
В 1997—2001 годах Гудков был членом консультативного совета при директоре ФСБ, в который входили руководители частных охранных компаний.
В 2001 году покинул пост президента «Оскорда», к тому времени, по данным СМИ, занимавшего лидирующие позиции на рынке охранных услуг, однако остался его владельцем. В настоящее время продолжает руководить компанией.
Женат, двое сыновей. Старший сын, Дмитрий Гудков, в декабре 2011 года стал депутатом Государственной думы РФ VI созыва (фракция «Справедливая Россия»), политик, является соучредителем Молодежной общественной палаты и лидером молодёжного движения ООМО «Молодые социалисты России». Младший сын, Владимир Гудков — генеральный директор коллекторского агентства «Центральное Долговое Агентство».
Его жена — Мария Петровна Гудкова, председатель совета директоров объединения структур безопасности «Оскордъ».
В свободное время Геннадий Владимирович Гудков увлекается спортом и игрой на баяне.
28 сентября 2011 г. на пресс-конференции в «Комсомольской правде» Геннадий Гудков обнародовал факты, связанные с госзакупками. На покупку авто для чиновников всех уровней в год уходит порядка 6 млрд рублей. Кроме того, Геннадий Гудков внес в Госдуму законопроект об ограничении покупательной способности наших госслужащих. Один из авторов документа — юрист, политический и общественный деятель Алексей Навальный.
В конце сентября 2011 года в рамках рейда против незаконно установленных мигалок сотрудники дорожной полиции остановили в центре Москвы автомобиль Audi Q7 с государственным номером Е 404 РЕ 177, принадлежащий Геннадию Гудкову. Официальная причина остановки — нелегально установленные стробоскопы. Гудков, опаздывающий на совещание, не дождался, когда полицейские ему вернут права, и уехал. Дело получило широкую огласку в СМИ, где происшествие ошибочно назвали «лишением прав». Однако, 1 октября 2011 года сам Геннадий Гудков сообщил, что ему вернули права и наложили штраф в 500 рублей.
В январе 2012 года в интернете появилось видео, на котором фигурируют Геннадий Гудков и сопредседатель ПАРНАСа Владимир Рыжков, датированное 13 января 2012 года. Они в одном из столичных кафе вели переговоры на темы сотрудничества между собой. Одной из важный тем был «заговор против Миронова», где говорилось, что Гудков надеется на плохой результат Миронова на предстоящих выборах и то, что он сам возглавит «Справедливую Россию».
Миронов сказал, что вопрос об исключении Гудкова из партии выставляться не будет:
Также на видео обсуждались вопросы о «Ультиматуме для Горбенко», «О возможном союзе с Прохоровым» и «Заговоре против Навального».