Будучи близким родственником короля Англии Эдуарда III, Генри пользовался его доверием, благодаря чему король назначил Генри на ряд высоких должностей в администрации Северной Англии. С 1359 года участвовал в военных экспедициях Эдуарда III во Францию, где командовал отрядами. В 1366 году король посвятил Генри в рыцари ордена Подвязки.
В 1368 году Генри командовал английской армии, которая отправилась из Кале в Пуату, однако уже в следующем году заболел и был вынужден вернуться в Англию. В 1371 году он вернулся во Францию, где в августе участвовал во взятии Монконтура.
В 1377 году Генри вернулся в Англию и был послан королём Эдуардом в Шотландию с десятитысячной армией, чтобы отомстить шотландцам за сожжение Роксбурга. В том же году он был назначен хранителем шотландских марок.
После смерти Эдуарда III Генри первоначально поддерживал его сына и наследника Ричарда II, который во время своей коронации даровал Генри титул герцога Нортумберленда и назначил его лордом-маршалом Англии. Из-за непрекращающихся стычек с шотландцами ему постоянно приходилось находиться в своих владениях, организуя оборону вместе со своим сыном, Генри Хотспуром. В 1378 году после восьмимесячной осады Генри удалось взять Берик. В 1393 году по поручению короля Генри участвовал в переговорах о мире с Шотландией.
Однако позже отношения Генри с королём Ричардом испортились. Одним из поводов послужило создание рядом с его владениями в 1397 году графства Уэстморленд, графом которого стал Ральф де Невилл. А когда в 1399 году король приказал Генри явиться ко двору, заподозрив его в измене, тот бежал в Шотландию и поддержал Генри, графа Дерби, который захватил английский трон и сам короновался под именем Генриха IV. Во время коронации Генри Перси получил титул короля острова Мэн и ряд высоких административных должностей в Чешире, Уэльсе и в областях на границе с Шотландией, где 14 сентября 1402 года Генри разгромил шотландскую армию в битве при Хомилдон-Хилле.
Но вскоре отношения с Генрихом IV также испортились. В 1403 году Генри Перси вместе с сыном Генри Хотспуром и братом Томасом Перси, графом Вустером присоединился к восстанию баронов, недовольных усилением королевской власти. Целью восставших было возведение на королевский престол Эдмунда Мортимера, 5-го графа Марча. Однако восстание оказалось неудачным и 21 июля 1403 года в битве при Шрусбери королевская армия разбила восставших, при этом погиб сын Генри, Генри Хотспур. Поскольку сам Генри в битве не участвовал, то ему удалось избежать обвинения в измене, однако его лишили должности лорда-маршала.
В 1405 году Генри принял участие в восстании Оуайна Глиндура. После того, как армия восставших 29 мая 1405 года оказалась разбита в битве у Шиптон-Мура, Генри бежал в Шотландию, откуда перебрался во Францию. Все его владения были конфискованы.
В 1408 году Генри вторгся в Англию с шотландской армией, однако 29 февраля погиб в битве у Брамем-Муре.
Генри Перси является одним из персонажей исторических хроник Уильяма Шекспира «Король Ричард II» и «Король Генрих IV».
1-я жена: с 12 июля 1358 года (Брансепет, Дарем, Англия) Маргарет де Невилл (ок. 1329 — 12 мая 1372), дочь Ральфа де Невилла, 2-го барона Невилла из Рэби, вдова Уильяма де Роса, 4-го барона Роса из Хэймлека. Дети:
2-я жена: до 3 октября 1383 Мод Ласи (ум. 18 декабря 1398), дочь Томаса Ласи, 2-го лорда Ласи из Кокермаусса