После смерти отца в 1516 году Генрих унаследовал его личные владения — графство Перигор и виконство Лимож. После смерти матери в 1517 году Генрих под именем Генрих II стал королём Наварры, а также унаследовал графства Фуа и Бигорр, а также виконтство Беарн. Однако король Арагона Фердинанд II ещё в 1512 году захватил большую часть Наварры и присоединил её к Арагону. Реально в управление Генрих получил только Нижнюю Наварру. Кроме того, после смерти деда, Алена Великого, Генрих унаследовал родовую сеньорию Альбре. В 1521 году Генрих попытался военным путём возвратить захваченную часть Наварры, но результата это не принесло.
Генрих продолжил политику отца по сближению с Французским королевством. В 1523 году он сблизился с королём Франциском I. Он участвовал в армии Франциска битве при Павии в 1525 году против императора Карла V, в которой попал вместе с Франциском в плен. Однако том же году Генрих бежал из плена, что добавило ему престижа.
В 1527 году Генрих женился на сестре Франциска I, Маргарите, принёсшая ему в качестве приданного графство Арманьяк. Двор его жены в городе Нерак стал одним из центров литературы, науки и искусства Западной Европы.
В 1548 году Генрих выдал свою единственную дочь и наследницу, Жанну, замуж за герцога Антуана де Бурбона.
В 1550 году сеньория Альбре получила статус герцогства.
Генрих умер 25 мая 1555 года и был похоронен в родовой усыпальнице королей Наварры в соборе Лескар. Все его владения унаследовала дочь Жанна.
Жена: с 24 января 1527 года Маргарита Ангулемская (11 апреля 1492 — 21 декабря 1549), дочь Карла Орлеанского, графа Ангулема и Перигора