Продолжал начатую отцом политику расширения герцогства на восток, что приводило к конфликтам с Льежским епископством, с одной стороны, и к союзу с императором Фридрихом II, с другой. Благодаря союзу Генриха с императором в состав герцогства вошло графство Далем. Война между епископом Льежа и Лимбургским домом, в которую оказался вовлечён Генрих, закончилась только в 1243 году.
Генрих также оказал влияние на Гельдерн и Голландию в период правления несовешеннолетих Оттона II, графа Гельдерна, сына сестры Генриха Маргариты, и Вильгельма II, графа Голландии, сына сестры Генриха Матильды. В 1247 году Генрих отказался в пользу последнего от немецкой короны.
После смерти первой жены Марии, дочери Филиппа Швабского, он женился в 1240 году на Софии, дочери ландграфа Тюрингии Людовика IV. В том же году разгорелся конфликт с кёльнским епископом по поводу Далема. В 1247 году София унаследовала Тюрингию. Единое герцогство Брабанта и Тюрингии просуществовало до 1275 года, когда в результате войны за Тюрингское наследство её часть, ландграфство Гессен, отошла к сыну Генриха и Софии Генриху I Гессенскому, основавшему гессенскую линию Брабантского дома.
12 января 1248 года, за несколько дней со смерти, первым в истории Брабанта Генрих II публикует хартию (нидерл. landsprivilegie), гарантировавшую неприкосновенность определённых прав подданных. В том числе Генрих отказался от т. н. права «мёртвой руки», неотчуждаемого права собственности.
Генрих похоронен вместе с Софией Гессенской в хоре церкви цистерцианского аббатства в Виллер-ла-Виль. Этому аббатству Генрих начиная с 1236 года делал значительные дары в виде сельскохозяйственных угодий и леса.
Генрих был женат дважды. Его первой супругой была Мария, дочь Филиппа Швабского и Ирины Ангелины, дочери византийского императора Исаака II Ангела. В этом браке родились:
Вторым браком Генрих был женат на Софии Гессенской (20 марта 1224 года — 29 мая 1275 года), дочери ландграфа Тюрингии Людовика IV и св. Елизаветы Венгерской. В этом браке родились: