Сын баварского герцога Генриха II Строптивого и Гизелы Бургундской, правнук короля Генриха I Птицелова. С 7 июня 1002 года — король Германии, 14 февраля 1014 года папой Бенедиктом VIII коронован как император. В браке с Кунигундой Люксембургской не имел детей, с его смертью пресеклась династия Оттонов. Канонизирован папой Евгением III в 1146 году. Генрих II, в отличие от своего предшественника Оттона III, направил свою политику на консолидацию земель и решение проблем рейха к северу от Альп. Бо?льшую часть своего правления он вёл войну на восточных рубежах империи с польским князем Болеславом Храбрым.
Совершил три похода в Италию с целью утверждения в этой части империи своего господства и получения титула императора. Время правления Генриха считается периодом интенсификации и централизации королевской власти, а также усиления связи государства и церкви. Опорой его власти стали епископства, как существующие, укреплённые дарениями императора, так и учреждённые вновь.
Основал в 1007 году Бамбергское епископство, ставшее значительным политическим и культурным центром Франконии. Генрих II активно участвовал в реформировании церковной жизни. Основным источником сведений о жизни и правлении императора является хроника Титмара Мерзебургского.
После смерти Оттона II Генрих Строптивый освободился из заключения, захватил малолетнего Оттона III, потребовал признать себя его опекуном и попытался добиться своего избрания императором. Однако большая часть германской знати и представителей церкви не поддержала его притязаний. В Роре Генрих Строптивый договорился о передаче Оттона III матери в обмен на обещание вернуть ему герцогство Баварию. 29 мая 985 года на рейхстаге во Франкфурте Генриху II Баварскому были возвращены его земли. На церемонии, где состоялось окончательное примирение Людольфингов, присутствовал и его сын Генрих. В документах того времени он значился как сорегент (лат. condux) своего отца. Он оставил хидельсхаймскую школу и продолжил своё образование в Регенсбурге под руководством епископа Вольфганга. С 988 года Генрих непременно сопровождал отца в дипломатических поездках и военных походах.
Вместе с отцом летом 995 года Генрих выступил в поход против славян долины Одера. Однако Генрих Строптивый заболел, и сын перевёз его в Гандерсгейм. Умирая, Генрих II Баварский просил сына сохранять мир с королём и навести порядок на своих землях. 28 августа 995 года Генрих Строптивый скончался, его сын под именем Генриха IV наследовал герцогство Баварское, а баварское дворянство подтвердило его права. В то же время Оттон III отделил от Баварии Каринтию, которой Генрих Строптивый владел с 989 года, и передал её графу Оттону Вормсскому с тем, однако, чтобы Генрих IV Баварский осуществлял контроль за этими землями.
Около 1000 года Генрих женился на Кунигунде, дочери графа Зигфрида Люксембургского. На отношения между супругами, всегда уважавшими друг друга, не повлияли ни проблемы с братьями Кунигунды, которые испытал Генрих впоследствии, ни то, что брак остался бездетным.
Впервые Генрих Баварский участвовал в походе императора Оттона III в Италию в 996 году, исполняя обязанности советника по военным вопросам. Генрих присутствовал на коронации Оттона в Риме 21 мая 996 года, а после того, как император покинул город, остался в нём ещё на несколько недель и принял участие в Великом соборе, проводившемся 24—26 мая. По желанию Оттона Генрих оставался при императорском дворе.
В 1001 году Генрих снова сопровождал императора в Рим, где его решительность предотвратила восстание римлян. На этот раз пребывание Оттона в Италии затянулось: сначала он совершил поездку в Венецию, потом Рим закрыл перед ним ворота, а в Беневенте пришлось вести боевые действия. В императорском войске, ослабленном походом и болезнями, зрело недовольство. На Генриха оказывалось давление с тем, чтобы он либо уговорил императора вернуться, либо оставил его, однако герцог баварский сохранил верность Оттону. Вероятно, осенью 1001 года Генрих возвратился со своими войсками в Баварию, а весной следующего года он должен был по желанию Оттона снова выступить в Италию.
24 января 1002 года в Италии умер 21-летний император Оттон III. Тело императора было отправлено из Италии в Германию. Генрих Баварский выехал к траурному каравану, который встретил в феврале 1002 года неподалёку от Поллинга. Там он завладел императорскими регалиями.
После съезда в Верле появились и другие претенденты, связанные родством с императором. Ближайшим родственником Оттона III был муж его сестры Матильды — пфальцграф Эццо, который предъявил права на престол. Кроме того, претензии на императорский престол высказали Генрих Баварский, как ближайший родственник по мужской линии; герцог Оттон Каринтский; герцог Герман II Швабский. Согласно «Vita Bernwardi» и «Vita Meinwerci», претензии на императорский престол предъявлял также граф Бруно Брауншвейгский, однако успехом они не увенчались, поскольку против него выступил епископ Хильдесхайма Бернвард.
3 апреля 1002 года в Ахене состоялись похороны Оттона III. Большинство знати, присутствовавшей на похоронах, высказалось за кандидатуру Германа Швабского, однако это не устроило других претендентов. Один из наиболее серьёзных противников, Экхард Мейсенский, был поддержан частью знати в Хильдесхайме, где его встретили как короля, но этой поддержки было мало. Он возлагал надежду на то, что на хофтаге в Дуйсбурге будет провозглашён королём, однако в Падерборне узнал, что хофтаг не состоится, и, вероятно, отправился в Тюрингию. Экхард остановился в королевской резиденции в Пёльде, где в ночь с 29 на 30 апреля 1002 года был убит. Неизвестно, по чьему приказу был убит маркграф Мейсенский, однако его устранение более всего было выгодно Генриху Баварскому.
Смертью Экхарда воспользовался Генрих Баварский. С помощью обещаний ему удалось перетянуть на свою сторону большую часть саксонской знати. Кроме того, один из претендентов, Оттон Каринтийский, снял свою кандидатуру, рассчитывая получить свои прежние владения, конфискованные у него в 985 году. В итоге на съезде в Майнце 6 июня 1002 года Генрих был выбран королём.
Архиепископ майнцский Виллигис короновал Генриха 7 июня 1002 года в Майнце, так как Ахен, занятый герцогом Швабии, для короля был закрыт. Коронация в Майнце нарушила сложившуюся традицию — до Генриха II немецкие короли короновались в соборе Ахена. После празднеств в Майнце король вышел походом на Швабию: Герман Швабский напал на Страсбург, поддерживавший Генриха. В конце июня Герман уклонился от решающего сражения с войсками короля, и Генрих, разорив швабские владения Германа, ушёл в Тюрингию. В июле дворянство Тюрингии поддержало вновь избранного короля, а 25 числа того же месяца в Мерзебурге Генриху присягнуло саксонское дворянство. В Корвее он встретился со своей супругой Кунигундой. 10 августа 1002 года она была коронована в Падерборне архиепископом Виллигисом. Тогда же сестра Оттона III София, союзница Генриха, была рукоположена? в аббатисы Гандерсхайма.
Подчинение всех земель империи власти Генриха затянулось на семь месяцев. Лишь после того, как церковь западных земель признала его королём, Генрих короновался вторично — 8 сентября 1002 года в Ахене.
В августе 1004 года Генрих выступил в поход из Мерзебурга. Из-за проливных дождей произошёл разлив рек, Генрих резко изменил маршрут и направился в Чехию. Он захватил замок Заац и перебил польский гарнизон, затем пошёл на Прагу, где в то время начался мятеж против Болеслава. Болеславу удалось бежать в Польшу. Генрих назначил брата Болеслава Рыжего Яромира, изгнанного в своё время в Саксонию, богемским герцогом. Поддерживаемый Яромиром, король прошёл до Мейсенской марки и взял Будишин. Контроль за маркой Генрих передал