Главной опорой Генриха III были министериалы и рыцарство. Его преданным советником и канцлером долгое время был Анно II, который по его смерти служил его сыну. Совершил поход в Италию (1046 — 1047), во время которого низложил трёх соперничавших пап; несколько раз назначал кандидатов на папский престол. Генрих III покровительствовал Клюнийской реформе, что способствовало усилению папской власти. Он поставил в зависимость от империи Чехию и Венгрию, подчинил герцога Лотарингского. Генрих III раздавал лены (светские) за деньги, чем настроил против себя ряд светских феодалов.
После смерти Конрада II избранный и коронованный Генрих III был признан в Германии, Италии и Бургундии.
Князь Бржетислав Богемский воспользовался волнениями в Польше и сменой власти в Германии, чтобы напасть на Польшу. Краков был разграблен, многие поляки были уведены в плен, а прах св. Адальберта перенесен из Гнезно в Прагу. Навстречу армии короля Генриха, которая должна была покарать за этот набег, Бржетислав послал в качестве заложника своего сына с обещанием самому прибыть для принесения присяги. В 1040 году Генрих выступил в поход против нарушившего слово князя, но потерпел поражение в Богемском лесу, так как Бржетислав получил подкрепление от венгров. В 1041 году король ещё раз тремя армиями, с севера, запада и юга, выступил против Богемии. Когда войска встали под Прагой, Бржетислав покорился. В покаянных одеждах он принес присягу в Регенсбурге, заплатил штраф в 4000 марок золотом и был пожалован в качестве ленов Богемией и двумя польскими областями — вероятно, частью Силезии с Бреслау. Впредь он на всю жизнь сохранил верность Генриху III, часто бывал при дворе и поддерживал его военные мероприятия.
В 1042 году Генрих двинулся против Абу Шамуэля, вторгшегося ранее в имперские земли на Дунае. После разрушения Дойч-Альтенбурга и Пресбурга и продвинулся до Грана, но прочного успеха ответный удар не имел. В 1043 году Генрих, несмотря на двукратное предложение Абы заключить мир, ещё раз двинул против него войска южнее Дуная. Перед укреплениями венгров на Рабнице был заключен договор, по которому немцам передавали пленных и, вероятно, вопреки желанию Абы, возвращали уступленную в 1031 году территорию между Фишей и Лейтой. Непокорность Абы и раздражение против него венгерских князей позволили Генриху в 1044 году ещё раз выступить против него с баварскими и богемскими войсками. Он обошёл венгерские укрепления на Рабнице и перешёл Раб у Менфё, где наголову разбил численно превосходящие силы венгров. Народ покорился германскому королю, который в Штульвейсенбурге восстановил у власти бывшего короля Петра: Аба предстал перед судом немцев и венгров, был признан виновным и казнен. На Троицу 1045 года Генрих ещё раз прибыл в Штульвейсенбург, где Пётр вручил ему как своему сюзерену позолоченное копье, после того как венгерские магнаты обязались быть верными германскому королю и его наследникам.
Уже само развертывание рыцарского войска Генриха в 1045 году вынудило лютичей, которые беспокоили саксонскую границу, возобновить выплату дани. Изгнанный в 1034 году князь Казимир смог, вероятно, с немецкой помощью, получить обратно Польшу. В 1046 году он вместе с князьями Померании и Богемии присягнул на верность германскому королю, и, таким образом, в первые же годы правления Генриха оказался восстановлен сюзеренитет над всеми восточными соседями.
Бракосочетание Генриха с Агнессой, дочерью Вильгельма V, герцога Аквитании и Пуату, должно было послужить сохранению мира на западе и обеспечению власти Генриха над Бургундией и Италией. На встрече под Ивуа на Шьере Генрих I Французский, видимо, неохотно дал согласие на этот брак. Обручение состоялось в Безансоне, коронация — в Майнце, а свадебные торжества прошли вслед за этим, в ноябре 1043 года, в Ингельгейме. Протесты аббата Зигфрида Горцского по поводу близкого родства вступающих в брак — оба были потомками Генриха I — не были приняты во внимание. Римский папа Бенедикт IX, подчинившийся королю Генриху точно так же, как подчинялся его отцу, через двух своих легатов санкционировал не соответствующий канонам брак Генриха.
Обеспечив осенью 1046 года мир в стране и на границах, Генрих отправился в Италию. В Павии 24 октября 1046 года он провел с ломбардскими, немецкими и бургундскими епископами синод, на котором был обнародован всеобщий запрет симонии.
В это время на папском престоле оказались одновременно два папы: Сильвестр III и Григорий VI. Первый был избран вместо изгнанного римлянами Бенедикта IX, второй откупил за 1000 марок папскую тиару у того же Бенедикта. Григорий VI, купивший за деньги «апостольский престол», слыл клюнийцем и оправдывал свой поступок благородными намерениями «реформировать Римскую церковь». Он хотел заручиться поддержкой Генриха III и встретил его у Пьяченцы, чтобы сопровождать в Рим и возложить на его голову императорскую корону. Но Генрих III, зарекомендовавший себя поборником церковной реформы, сообразуясь с «общественным мнением», решил передать дело о папской тиаре на суд церковного синода, который состоялся в Сутри 20 декабря 1046 года. Неканоническое возведение на папский престол Григория VI дало Генриху основание к тому, чтобы заставить синод в Сутри низложить его вместе с изгнанным полтора года назад Сильвестром III. Во избежание беспорядков плененный Генрихом Григорий VI должен был следовать в Германию; его сопровождал монах Гильдебранд (будущий папа Григорий VII). Через три дня синод в Риме высказался за смещение Бенедикта IX, пытавшегося восстановить свои права, в связи с его противозаконным отречением от папского престола и, после отказа от предложенного сана архиепископа Адальберта Бременского и по его совету, возвел на престол святого Петра под именем Климента II сакса, епископа Суитгера Бамбергского. На следующий день, 25 декабря он принял посвящение в сан и совершил императорскую коронацию Генриха и его супруги.
В феврале 1047 года в Капуе император принял клятву верности и богатые дары от Ваймара Салернского, норманнских князей и Пандульфа IV Капуанского. Последний за большую денежную сумму был вместе со своим сыном, носящим то же имя, вновь пожалован Капуей в качестве лена, а норманнские князья получили подтверждение своих прав на владение Апулией и Аверсой. Беневент не открыл Генриху своих ворот и после тщетной осады был отлучен от церкви Климентом II, который сопровождал императора в Южной Италии.
Весной 1055 года император отправился в Италию во второй раз. Вместе с новым папой Виктором II и 120 епископами он провел в июне собор во Флоренции, на котором запретил отчуждение церковного имущества и призвал некоторых епископов к ответу за симонию и нарушение целибата. Император и папа оставались вместе до конца года. В планах Генриха оставалось утверждение его власти над домом Каносса. Готфрид Лотарингский бежал из Италии в Германию, плененных Беатрису Тосканскую (его жену) и её дочь Матильду император увез с собой. Он и уполномоченные им посланцы во многих местах вершили свой суд. Благодаря первым городским привилегиям император поддержал города в борьбе против высшей знати и тем самым привлек их на свою сторону. Их поддержкой впоследствии пользовался и Генрих IV. Важные связи император установил благодаря помолвке своего сына с Бертой, дочерью графа Туринского.