После смерти в 1227 году своего старшего брата Людовика IV Святого, Генрих изгнал его жену Елизавету Венгерскую и сына Германа II из Вартбурга и захватил Тюрингенское ландграфство с пфальцграфством Саксонией.
Он оказал Богемии помощь при нашествии монголов; сделался опекуном Конрада, сына императора Фридриха II, но вскоре перешел на сторону папы, и партия последнего после лишения Фридриха II короны избрала его контримператором 22 мая 1246 года; в насмешку его называли поповским императором («королём священников»), так как в его избрании принимали участие преимущественно духовные князья. При помощи папских денег он собрал войско и разбил Конрада 5 августа 1246 года в битве при Франкфурте. Зимой 1247 года он осаждал Ульм и Ройтлинген. В столкновении при Ройтлингене Генрих был ранен, затем неожиданно свернул свои военные действия и удалился в Вартбург, где заболел и умер 16 февраля 1247 года.
Был погребён рядом со своими родителями в монастыре св. Екатерины около Эйзенаха.
Генрих был женат три раза:
Ни в одном из браков он не имел сыновей. С его смертью угасла династия тюрингенских ландграфов, после чего наступила продолжительная война за тюрингское наследство между родственниками ландграфского дома по женской линии.