Цилле родился в городе Радебург в Саксонии в бедной семье. Отцом мальчика был мастер по точной механике. С 1867 года жил в Берлине, где вынужден был зарабатывать себе на хлеб. С 1872 года учился на литографа, посещал также класс рисунка в вечерней школе. В 1877—1907 годах Цилле являлся техническим сотрудником «Фотографического общества». Как график, начиная с 1900 года, он сотрудничал с газетами «Молодёжь» (Jugend), «Симплициссимус» (Simplicissimus) и «Весёлые страницы» (Lustige Bl?tter). Скончался он в 1929 году в Берлине.
Генрих Цилле принадлежит к группе тех берлинских художников, которые к началу ХХ столетия старались показать пролетарское лицо столицы Германской империи. В своих бесчисленных эскизах и созданных на их основе рисунках, как правило сопровождаемых краткими диалогами, художник изображал жизнь бедняков, люмпенов, рабочих и безработных в подвальных помещениях, на задних дворах и в забегаловках восточных и северных районов Берлина, между Панковом и Руммельсбургом. Своими работами художник вызывал у современников самые противоречивые чувства. Его называли как уважительным Генрих кисти (Pinselheinrich), так и оскорбительным Рисовальщик абортов (Abortzeichner). Один из посетителей графической выставки на Берлинском сецессионе (1901 год), в которой принимал участие и Г.Цилле, высказался о нём: «Этот парень (Цилле) убивает в каждом радость жизни». В то же время по работам Цилле создавались даже театральные постановки. Яркий пример тому — «Придворный бал у Цилле» (Hofball bei Zille), поставленный в 1925 году в Немецком театре Берлина.
Племянник Генриха Цилле, эмигрировавший в 1930-е годы в ЮАР, был отцом известного южноафриканского политика Хелен Зилле.
Путешествия на Восток и на Запад
Люди моего круга
Выступление циркачей
Железный крест
Портрет К. Кольвиц
Дети улицы
Отдых моделей
Эрих Бютнер. Портрет Цилле, 1923 год
Автопортрет. 1922 год
Открытие памятника Цилле. Берлин, 1930 год
Правительство ГДР в 1970 году присвоило Генриху Цилле посмертно звание почётного гражданина Берлина. К 150-летнему юбилею со дня рождения художника новый (дополнительно к уже имеющимся в Берлине) памятник Генриху Цилле, выполненный скульптором Торстеном Штегманом (нем. Thorsten Stegmann), был установлен в историческом квартале столицы Николаифиртель , где расположен Музей Цилле .