С 13 лет учился во Львове у Кароля Микули как пианист, в 1884 году поселился в Вене, где, в частности, изучал гармонию под руководством Антона Брукнера. Некоторое время выступал как пианист-аккомпаниатор (в частности, с Иоганнесом Мессхартом), давал частные уроки фортепиано (в том числе юному Вильгельму Фуртвенглеру).
В трёх томах своего основного труда «Новые музыкальные теории и фантазии» (1906, 1910, 1935) разработал оригинальную теорию гармонии, получившую ныне широкое распространение на Западе, особенно в США. Представлял многоголосное музыкальное сочинение как совокупность иерархически связанных слоёв, которые можно свести к элементарному мелодико-гармоническому остову (названному им Ursatz) методом последовательной «редукции» (так называемый «Reduktionsanalyse»).
Шенкеровский гармонический анализ, который годится для объяснения многих сочинений барочной и классико-романтической тональной музыки, работает лишь частично или вовсе неприемлем по отношению к музыке других эпох и стилей.