Эберс учился в Геттингене на юридическом факультете, а затем в Берлинском университете специализировался на восточных языках и археологии. Став специалистом по египтологии, в 1865 он получил звание доцента Йенского университета, а в 1870 стал профессором египтологии в Лейпцигском университете.
Эберс совершил две научные экспедиции в Египет. Результатом первой стало исследование «Древний Египет и книги Моисеевы» (1867—1868), результатом второй — открытие и исследование медицинского «папируса Эберса» (1874). Папирус Эберса был первым из обнаруженных древнеегипетских документов, содержащих развернутые сведения по медицине этого периода. Папирус представляет собой свиток длиной более 20 метров со 108 колонками текста. Он датируется временем правления Аменхотепа I (ок. 1536 года до н. э.)
Фундаментальными научными трудами Эберса стали «Древний Египет в истории и Писании» (1880), в котором он пытался доказать, что научные данные египтологии подтверждают свидетельства Библии, путеводитель по Египту (1886) и жизнеописание его учителя профессора египтологии Карла Рихарда Лепсиуса (1885). В 1889 Эберс по состоянию здоровья оставил научную работу.
Он постоянно поселился в своем летнем доме в Тутцинге на берегу Штарнбергского озера, где и умер. В Тутцинге Эберса навещали его друзья — деятели литературы и искусства, в том числе художник Лоуренс Альма-Тадема, по свидетельству которого многие египетские картины были навеяны ему общением с Эберсом.
Эберсу принадлежала идея популяризации истории Древнего Египта, его быта, культуры и искусства путем создания исторических романов. Он оказался талантливым литератором. И после первого романа «Дочь фараона» (1864), который вызвал удивление и недоверие в научных кругах, последовал роман «Уарда» (1877), уже восторженно встреченный как широкой публикой, так и учеными, которые признали полное соответствие бытовых и исторических деталей романа научным данным. Отличительной особенностью всех художественных произведений Эберса является превосходная и во всех отношениях научно обоснованная реконструкция изображаемой эпохи, ибо каждая деталь, каждый факт был предварительно всесторонне проанализирован Эберсом-ученым, прежде чем использоваться Эберсом-писателем. Таким образом, окончательному воплощению замысла любого романа предшествовала кропотливая, по существу научно-исследовательская работа.
Эберс написал 12 романов из различных периодов истории Древнего Египта (этот цикл охватывает период со времен царствования Рамсеса II — середина 14 века до н. э. — до первых лет установления над Египтом арабского господства в середине 7 века после Рождества Христова), а также несколько романов о европейской истории 16 века.