Предки Муффата по отцовской линии были выходцами из Англии и Шотландии. В 1663—1669 он учился в Париже у Люлли, в 1681—1682 — в Риме у Паскини. Служил органистом в Вене, Праге, Зальцбурге, Пассау.
Его сын Готтлиб Теофил Муффат (1690—1770) также был композитором и органистом.
Сочинения Муффата, наряду с наследием таких его современников, как Стеффани, Фукс, Куссер и пр., знаменуют важный этап в создании музыкального языка позднего барокко, основанного на смешении итальянских и французских традиций. Учившийся в Париже у Люлли и в Риме у Пасквини, встречавшийся с Корелли, композитор в своих concerti grossi (Пассау, 1701) сплавляет воедино французскую инструментальную сюиту и итальянский концерт, развивая идеи намеченные ранее в сборнике сонат Armonico tributo (1682). Также примечательны органные партиты, и два сборника оркестровых сюит во французском вкусе (1695 и 1698) - один из наиболее ранних образцов жанра в Германии.
Toccata prima
Светские и духовные сочинения Муффата активно исполняются. Именем композитора назван бельгийский оркестр барочной музыки (фр. Les Muffatti).